ويرميهم بالتهور ويقنع في آماله الوطنية بالقليل كما يدل عليه كتاباه اللذان نشرا بعد موته وكان قد أرسلهما إلى صديقه مستر ( بلنت ) يشرح فيهما مذهبه في الإصلاح السياسي وفيهما قناعة في السياسة لا ترضي الوطنيين .
وقال عنه أيضا اللورد كرومر : ( كان رجلا مستنير الرأي ، بعيد النظر ، خياليا ، حالما بعض الشيء ، ولكنه كان وطنيا صادقا ) .
ومن الفتاوى والمسائل العلمية المهمة أنه كان ينكر الوسيلة ويحلل الموقوذة ويسوغ لبس القبعة ويجيز ربح صناديق التوفير ويحاول الاجتهاد ويفسر القرآن على غير طريق السلف .
وبسبب هذه الفتاوى رد عليه كثير من مشاهير العلماء في مصر .
وكان عضوا في مجلس الأوقاف الأعلى وعضوا دائما في مجلس شورى القوانين ومجلس الأزهر .
توفي في شهر جمادى الأولى سنة 1323 ه - يوم 11 يوليو سنة 1905 م بمرض السرطان ، وكان ذلك في رمل الإسكندرية في منزل صديقه محمد بك راسم ، واحتفلت الحكومة رسميا بتشييع جنازته في الإسكندرية ومصر ، ودفن في مدفنه الخاص بقرافة المجاورين .
مؤلفاته :
1 - الإسلام والرد على منتقديه .
2 - الإسلام والنصرانية .
3 - تقرير في إصلاح المحاكم الشرعية .
4 - تفسير جزء عم .
5 - تفسير سورة العصر .
6 - تفسير القرآن الكريم .
7 - رسالة التوحيد ، وكان يدّعي فيها بخلق القرآن ولكن الشيخ رشيد رضا حذف الكلام الخاص بخلق القرآن .
8 - رسالة في الرد على موسيو هانوتو .
9 - شرح مقامات بديع الزمان الهمزاني .
10 - العروة الوثقى .