توفى العلامة الكبير الشيخ عبد الحسين المظفر عصر الاثنين في الأول من شهر رمضان 1416 ه ، الموافق ليوم 21 / 1 / 1996 م في منطقة الخندق في البصرة ، ودفن في النجف الأشرف ، في مقبرة الأسرة الواقعة في وادي السلام ، وأرخ وفاته الشاعر السيد عبد الستار الحسني بقوله :
دنيا التقى قد أصيبت * بفادح ليس يجبر
والفضل والعلم ناحا * لفقد حبر مطهر
سليل من شبهوه * لزهده بأبي ذر
( شافي ) سقام البرايا * ( كافي ) عنا كل معشر
فعزم أم المعالي * مذ أثكلت بابنها البر
بفقد ذا ( العين ) أرخ * عبد الحسين المظفر
ورثاه الشاعر السيد عبد الأمير جمال الدين بقصيدة منها :
مر عام وأنت عنا بعيد * ولك الذكر عاطر وجديد
أيها الراحل العظيم سلاما * ز انه الود والوفاء الحميد
خسئ الموت أنت حي وتبقى * من سجاياك في الحياة شهود
ويقوم ولده الشيخ الدكتور علي المظفر بمقام والده ، فضلا عن جهوده العلمية في كلية الفقه .