1 - تقارير طبية جمعها تلاميذه .
2 - ديوان شعر .
3 - كتابات متفرقة في الطب وآراء في الحكمة .
توفى العلامة الطبيب الميرزا باقر الخليلي في مدينة النجف الأشرف عام 1332 ه / 1914 م ، ودفن في مقبرة آل الخليلي المجاورة لمدرسة القطب ، وأرخ وفاته الشيخ محمد الخليلي بقوله « 1 » :
يا باقر العلم ويا من غدا * للطب والآداب عنوانا
فأهنأ فقد نلت بأعمالك * الغراء في التاريخ غفرانا
أصم سمع الدهر ناعيك إذ * عم الورى رزؤك أشجانا
پاورقی
( 1 ) الخليلي : معجم أدباء الأطباء 1 / 90 .