اما بالنسبة للهوامش والحواشي ، فقد أخذت الهوامش في القسم الأول أرقاما متسلسلة لكل فصل من الفصول الثلاثة لهذا القسم ، بصورة مستقلة كل واحد عن الآخر ، اما في القسم الثاني ، فكان لكل ترجمة من تراجم شيوخ الإسلام أرقاما متسلسلة مستقلة عن الآخر ، بحيث اعتبرت كل ترجمة وحدة مستقلة عن الأخرى . كما سجلت أسماء شيوخ الإسلام كما وردت في علميه سالنامه أي بالطريقة العثمانية خاصة في العناوين ، وتم التعريف بهم بالطريقة العربية مع ذكر لألقابهم وشهرتهم في المتن .
على أن مشاكل هذه الدراسة ، كانت تنحصر في المدة الزمنية الطويلة لجمع المعلومات ، ليس حول تراجم شيوخ الإسلام فقط ، بل حول بعض الأحداث الداخلية أو الخارجية التي لها علاقة بشيوخ الإسلام ، وقد توفر لدينا كم هائل من المعلومات حول عدد من الشيوخ والقضايا ، بينما تضمحل تلك المعلومات حول عددا آخر من الشيوخ ، وتقل المعلومات حول عدد من الأحداث ، وحاولنا الوصول إلى القضايا المهمة في الدولة العثمانية ذات العلاقة المباشرة بمنصب شيخ الإسلام ، وقد حصلنا على قسم من هذه الوثائق التي تم نشرها في هذه الدراسة ، إلا أن قسما آخر من هذه الوثائق لم نستطع الحصول عليه بالرغم من البحث المتواصل وفي أكثر من مصدر ، ولا بد من الذكر أن أرشيف مشيخة الإسلام العثمانية في استانبول ، لا يحتوي وثائق الفتاوى " الفتوى خانه " ، ونجد أن الفتاوى المهمة والتي تتعلق بالسياسة العليا للدولة العثمانية ، نجدها في أرشيف طوبقابو سرايا والذي من الصعب الوصول إليه ، ومن الصعوبات الأخرى في هذا الموضوع وجود أكثر من معلومة حول مسألة تخص أحد الشيوخ ، واختلاف معظم السنوات والتواريخ التي تخص الشيوخ بين مصدر " سجل عثماني " وبقية المصادر العثمانية ، وبالرغم من تلك الصعوبات فإننا حاولنا توثيق كافة المسائل التي تتعلق بشيوخ الإسلام في الدولة العثمانية ، وبحدود ما هو متوفر من معلومات ومصادر .
[ * تحليل المصادر الأساسية : ]
لهذه الدراسة : لقد اعتمدنا في دراستنا هذه على مجموعة مميزة من المصادر الأساسية ، تشكلت من مجموعات الوثائق والسجلات العثمانية ، ومجموعات الكتب العثمانية المخطوطة والمطبوعة ، ومجموعات الكتب العربية المخطوطة والمطبوعة ، بالإضافة إلى الدراسات الحديثة حول موضوع شيخ الإسلام ، خاصة تلك الدراسات التركية التي تناولت شيخ الإسلام بكثير من التفصيل ، باعتباره جزءا من الدولة العثمانية ، ولا بد من الإشارة إلى أن