حيث انتقل القسم المملوك منها إلى ورثته في النجف والموقوفات منها وهي التي وقفها الحاج محمد باقر الشيرازي وغيره انتقلت إلى مكتبة المدرسة الشيرازية بسامراء - وقد يرمز عنها « المجدد الشيرازي » أو « السيد محمد حسن الشيرازي » .
مكتبة الشريعة : هي مكتبة المولى فتح اللّه الشهير بشيخ الشريعة الاصفهاني ( 1266 - 1339 ) بالنجف كانت فيها كتب نفيسة بيعت أكثرها بعد وفاته .
مكتبة السيد شهاب الدين بقم : مكتبة شخصية لصاحبه السيد شهاب الدين المرعشي المعروف بآقا نجفي وهو ابن السيد محمود بن شرف الدين على صاحب الحاشية المذكورة في ذ 6 : 169 . ولد صاحب المكتبة في النجف في 20 صفر 1315 وأسس مكتبة هذه عام 1335 وجمع فيها ما ينوف على ستة آلاف مجلّد بين مطبوع ومخطوط ، ولكنه باع بعضها وتشتمل المكتبة الآن على زهاء ألف مجلّد من المخطوطات كما كتبه إلى وقد رأيت فيها مجموعات نفيسه ، وهو ممن يكتب فهرس مكتبه ويرسلها تباعا إلى والدي في النجف . هذا ما كانت عليه المكتبة عام 1325 ش وقد زاد المؤسس عليها اضعاف ذلك ثم وقفها وجعلها بناية عظيمة في قم وألّف السيد احمد الاشكورى لها فهرسا بمساعدة السيد محمود المرعشي ابن المؤسس ، خرج منه حتى اليوم ثمانية مجلّدات كل منها يحتوى على 400 مخطوطة فارسية وعربية . وقد يرمز للمكتبة . « آقا نجفي التبريزي » .
مكتبة شيخ الاسلام بزنجان : وهي مكتبة نفيسة تشتمل على نسخ قيمة جدا أسس هذه المكتبة ظاهرا الآخوند المولى على جدّ أسرة شيخ الاسلام بهذه البلدة فانّه توجد كتب موقوفة باسمه في 1129 وبعده انتقلت إلى أولاده وزادوا عليها حتى وصلت اليوم إلى الشيخ فضل اللّه شيخ الاسلام 1302 - 1370 بن نصر اللّه بن محمد بن علي المذكور « 1 » .
كتب شيخ العراقين : مكتبة الطهراني بكربلا .
هامش
( 1 ) - وفي سنة . . . اشترت مكتبة المجلس مخطوطات مكتبة المرحوم شيخ الاسلام الزنجاني رحمه اللّه تمامها أو قريبا من تمامها وفيها نفائس قيمه جدا .