( 1349 ه . ق ) بمدينة مشهد المقدّسة ، ونشأ في أسرة علميّة دينيّة ملتزمة ، وكانت أسرته - وهي من الأسر العلويّة الحسينيّة - تسكن مدينة إصفهان على عهد الصفويين .
وقد عيّن جدّه الأعلى السيّد محمّد في منصب شيخ الإسلام في منطقة سيستان إبّان عهد السلطان حسين الصفوي ، فانتقل إليها ، وسكنها هو وذرّيّته من بعده .
وأوّل من سافر من أحفاده إلى مدينة مشهد هو السيّد علي - الجدّ الأدنى للسيّد السيستاني - حيث استقرّ فيها برهة من الزمن ، ومن ثمّ هاجر إلى النجف الأشرف لإكمال دراسته .
دراسته وأساتذته :
بدأ السيّد في الخامسة من عمره بتعلّم القرآن الكريم ، ثمّ دخل مدرسة لتعلّم القراءة والكتابة ، وفي عام ( 1360 ه . ق ) قرأ المقدّمات الحوزويّة ، وقرأ شرح اللمعة والقوانين على السيّد أحمد اليزدي ، وجملة من السطوح العاليّة على الشيخ هاشم القزويني ، وقرأ جملة من الكتب الفلسفيّة على المرحوم الإيسي ، ودرس المعارف الإلهيّة عند الشيخ مهدي الإصفهاني ، وحضر بحث الخارج عند الشيخ مهدي الآشتياني والشيخ هاشم القزويني ، وفي أواخر سنة ( 1368 ه . ق ) سافر إلى مدينة قم المقدّسة لإكمال دراسته ، فحضر درس السيّد حسين الطباطبائي البروجردي في الفقه والأصول ، وعند السيّد محمّد الحجّة الكوه كمرئي في الفقه فقط .
في أوائل سنة ( 1371 ه . ق ) سافر إلى النجف الأشرف ، فسكن مدرسة البخارائي العلميّة ، وحضر بحوث السيّد الخوئي والشيخ حسين الحلّي في الفقه