بخصوص در علم كلام شهرهء آفاق شد . مؤلف تذكره علما نام او را جزو شاگردان خاص غفران مآب مولانا سيد دلدار على طاب ثراه ذكر كرده است :
« هم از جملهء ايشان بود مدقق و محقق ، فاضل لوذعى سيد جليل المعى مولوى سيد محمد بن محمّد بن حامد كنتورى مشهور به سيد محمد قلى كه يكهتاز معركهء فضل و كمالات و مناظرات و مباحثات بود . تصانيف انيقهاش به نصرتش مذهب حق را دليلى است ساطع و برهانى است قاطع اكثر كتب درسيّه را به فكر و مطالعهء خود برآورده به غايت ذكى الطبع و جديد الذهن بود » .
علامهء مذكور تا مدتى در منصب قضاوت منصوب و مفتى ميروت بود و در همان زمان كتابى به نام « عدالت علويه » مشتمل بر احكام قضا و فتوا ، شرايط قاضى و مفتى نوشت كه شاهد عدالت و احتياط اوست .
در فيصله دادن مرافعات و حلّ مشكلات طرفين دعوا شهرت يافته بود و دربارهء كرامات وى سخنها شنيده شده است . در اواخر عمر به لكنهو آمد و در آنجا سكونت گزيد و به تصنيف و تأليف مشغول شد و وقت خودش را به اطاعت و عبادت الهى نيز صرف مىكرد تا اينكه عمرش به پايان رسيد و به عالم باقى شتافت .
مولانا محمد حسين پدر محمد قلى را در خواب ديد كه حضرت صاحب الامر ( عج ) سه ميوه به او مرحمت فرموده كه دوتاى آن ناقص و يكى از ميوهها سالم و كامل است . تعبيرش اين بود كه خداوند به او سه فرزند عطا فرمود : مهدى قلى كه در جوانى فوت شد ، هادى قلى كه در كودكى درگذشت و محمد قلى كه علامهء عصر شد .
مفتى محمد قلى در اواخر عمر به لكنهو آمد و در همان جا در 9 محرم 1260 ه ق درگذشت و در حسينيهء غفران مآب به خاك سپرده شد .
چون فاضل مفتى پسنديده خصال * بگذشت ز عالم و به يزدان پيوست
در بلدهء لكنهو رسد از كنتور * پس رخت سفر بهسوى جنت بربست
در ماتم او سپهر زد جامه به نيل * رنگ رخ لاله در گلستان بشكست
با مجتهد العصر كه همنام نبى است * سررشتهء اختصاص بودش در دست
زين راه توان گفت كه تقوا و ورع * فرياد كشيده در عزايش بنشست
بر مرقد او نوشته شد تاريخش * اين قبر مقدس محمد قلى است
( 1260 ه ق )