بلغ عدد طلاب هذه المدارس في بداية نشاطها العلمي ( 4700 ) طالباً ،
وكانت الدراسة فيها في فرعين :
1 - الفقه والمعارف الإسلاميّة .
2 - الفقه وأصوله .
ثمّ تمّ بعد ذلك فصل فرع الفقه وأصوله وتأسيس مدرسة خاصّة به وهي « مدرسة الفقه والأصول التخصصيّة » ، وإلحاق المدرسة المرعشيّة ومدرسة سلمان الفارسي بها .
كما تمّ أيضاً فرز ملفّات الطلبة المتخرّجين ونقلها إلى جامعة المصطفى العالمية « المركز العالمي للعلوم الإسلامية سابقاً » ، وتأسيس إدارة خاصّة بالمتخرّجين من الجامعة .
وقد حدثت بعض التغيّرات في هيكلة « مدرسة الدارسات العليا في للفقه والمعارف » لتشمل : المدرسة الحجتية ( المركز ) ، والمدرسة المؤمنية والشهابية ( وهما مدرستان للإعداد والتأهيل والقسم الداخلي للطلاب ) . ويبلغ عدد طلاب مدرسة الدراسات العليا ( 2000 ) طالباً من ( 33 ) بلداً ، ويبلغ الكادر التدريسي فيها ( 200 ) مدرّساً ، والأساتذة المشرفون على الرسائل العلمية والمساعدون ( 450 ) استاذاً .
وأمّا مقاطع الدراسة فيها فهي عبارة عن خمسة مقاطع ،
وهي : الديبلوم ، البكالوريوس ، الماجستير ، الدكتوراه ، ما بعد الدكتوراه ( / الاجتهاد ) .
المقطعان الأول والثاني ( الدبلوم والبكالوريوس ) :
وهما عبارة عن دورة تعليمية يدرس فيها الطالب - إضافة إلى الدروس المشتركة من علوم اللغة والمنطق والفقه والأصول - ما يختار من الدروس التخصصية