هذه الكنيسة والأنطوش يشكّلان اليوم ديرا هو من جملة الهبات التي قدّمها الأمير يوسف الشهابي إلى الرهبانيّة اللّبنانيّة بسعي الشيخ سعد الخوري صالح مدبّر الأمير بعد إجلائه الحماديين عن بلاد جبيل والبترون 1766 ، وقد أوقف الشهابيّ أملاكا على الأنطوش الذي لا يزال بيد الرهبانيّة اللبنانيّة ، وبمسعى من الشيخ سعد أصدر رئيس أساقفة جبيل المطران أنطون محاسب مرسوما مؤرّخا في شهر آذار 1767 ينصّ على أن يكون للرهبانيّة اللبنانيّة الحقّ مؤبّدا في خدمة الرعيّة التابعة لكنيسة مار يوحنّا الكبرى هذه في جبيل ، ولغيرها من كنائس المدينة : مار يعقوب ، ومار جرجس ، ومار شربل ، وسيدة مارتين ، وسائر الكنائس القائمة في البساتين ، وإثر عريضة رفعها الشيخ سعد إلى البابا بيّوس السادس ، تجاوب الفاتيكان ، وأصدر البابا منشورا في 8 نيسان 1775 يعلن عن منح الغفران الكامل للمؤمنين الذين يتناولون القربان المقدّس في كنيسة جبيل الكبرى ، وجاء في المدوّنات أنّ أهالي مدينة جبيل ادّعوا ملكيّة كنيسة مار يوحنّا فحكم مجمع المطارين والديوان البطريركي للرهبانيّة اللبنانيّة بالملكيّة 1793 ، وعلى عهد الرئاسة العامّة للأباتي يوسف طربيه 1962 - 1968 تمّ تجديد بناء أنطوش مار يوحنّا جبيل وأثاثه 1964 - 1966 .
كنيسة مار تقلا :
موقعها تجاه بوّابة السور الشماليّة في مكان يعرف اليوم بالميدان ، يعود تاريخها إلى أوائل انتشار المسيحيّة في المنطقة ، فقد أظهرت الأبحاث الأثريّة أنّه أجريت عليها ترميمات سابقة للصليبيّين ، وهي ذات هندسة قوطيّة عربيّة ، وقد يكون في المكان الذي تقوم عليه مقابر أثريّة لم تكتشف بعد .