كان قد اشتراها من صاحبها السيد علي القطب ، وكانت قيصرية في أيام القطب يشغل حوانيتها الخياطون . وقد اشتراها الشيخ الخليلي بمال معتمد السلطنة ( أمير بنج ) وقد كمل تشييدها سنة 1316 ه وفي نفس السنة أجريت وقفيتها . وقد شاهدت في بعض المجاميع الخطية تأريخا لعام تكميل تعميرها لم يذكر فيه اسم المؤرخ الناظم وهو :
دار علوم لذوي التحصيل * عمرها الحسين ذو التبجيل
قد قيل لما كملت ارخ ( لها * معهد علم شاده الخليلي )
1316 ه
وفي جهة الجنوب الشرقي من المدرسة عمر أمير تومان صمصام الملك العراقي المقبرة الشهيرة باسم مقبرة الخليلي ، وهي المقبرة التي دفن فيها أيضا هذا المعمر إلى جانب الشيخ الخليلي ، ثم شاد الجهات الثلاث الاخر من المدرسة مجد الدولة جهان كير خان . وهي ذات طابقين من جهاتها الأربع وعدد غرفها ( 50 ) غرفة مبنية بالكاشاني وفي هندسة سداسية ، وفيها سرداب يدور حول جهاتها الأربع .
جانب من مدرسة الخليلي الكبري