حجّ اسلام و طواف روضه منوّره خير الأنام عليه الصّلوة و السّلام گشته از آب آمويه عبور فرمود و در آن سفر بهر شهر و قصبه كه رسيد سادات و علما و أفاضل مقدم او را باعزاز و إكرام تمام تلقّى نمودند و خواجه محمّد بعد از وصول بمكّه مباركه و فراغ از مناسك حجّ به مرض صعب مبتلا شد چنان كه نتوانست كه بىآنكه در عمارى نشيند طواف وداع بجاى آورد در غايت ضعف و ناتوانى بجانب مدينه طيّبه در حركت آمده در أثناء راه روزى أصحاب را طلبيده و يكى از ايشان را فرموده تا اين كلمات را قلمى گرداند كه : « بسم الله الرحمن الرحيم . جاءني سيّد الطائفة الجنيد قدّس اللَّه سرّه في ضحوة يوم السّبت التاسع عشر من ذي الحجّة سنة اثني ( اثنتين . ظ ) و عشرين و ثمانمائة عند انصرافنا من مكّة المباركة زادها اللَّه تعالى تكريما ، و نحن نسير مع الرّكب و أنا بين النّوم و اليقظة فقال لي زيارة و بشارة « القصد مقبول » فحفظت هذه الكلمة و سررت بها ثم استيقظت من الحالة و الواقعة بين النّوم و اليقظة ، و الحمد للّه على ذلك » . و آن جناب در روز چهارشنبه ( بست و سوم . صح . ظ ) ماه مذكور بمدينه رسيده روز پنجشنبه وفات يافت و مولانا شمس الدّين فنارى و أهل قافله بر وى نماز گزارده در شب جمعه در جوار مزار بزرگوار عباس رضى اللَّه عنه جسدش را به خاك سپردند . از مؤلفات خواجه محمد پارسا يكى كتاب فصل الخطابست مكتوب گشته ، علماء شيعه آن كتاب را منظور نظر التفات نكرده‌اند ، و بعضى از فضلا لفظ « فصل خطابى » را جهت تاريخ وفاتش شمرده‌اند ] انتهى . و مجد الدين على بن ظهير الدين بدخشانى در « جامع السّلاسل » گفته : [ خواجه محمّد پارسا ، قدّس اللَّه سرّه . ايشان خليفهء دوم حضرت خواجه بهاء الدّين نقشبند قدّس اللَّه سرّه‌اند ، و تذكرهء خاندان خواجگان‌اند قدّس اللَّه تعالى أرواحهم در مبادى أحوال چون بملاقات حضرت خواجه بزرك آمدند بدر خانه خواجه ايستادند درين أثنا اتفاقا كنيزكى از خادمان حضرت خواجه از بيرون در درآمده ، خواجه از وى پرسيدند كه بيرون در كيست ؟ وى گفته : جوانيست پارسا كه بر در منتظر ايستاده حضرت خواجه بيرون آمده خواجه محمّد را ديده فرمودند كه شما پارسا بوده