امير اصلان خان و كشته شدنش به دست ابراهيم خان بر جان خود بيمناك شده بود . از آن گذشته مىدانست كه ايرانيان به سلطنت شاهرخ كه از جانب مادر به صفويه مىرسيد علاقمندند و او را براى سلطنت شايسته‌تر مىدانند . خاصه آنكه ابراهيم خان نيز مانند نادر جانب افغانان و ازبكان سنى مذهب را بيشتر از ايرانيان رعايت مىكرد . بارى امير خان به مبارزت با ابراهيم برخاست و با استفاده از توپخانه ، قسمت اصلى سپاه را به توپ بست . با تيراندازى امير خان ، در صفوف سپاه ابراهيم خان هرج و مرج سختى روى داد و قزلباشان نيز با استفاده ازين وضع به امير خان پيوستند و در نتيجه ، در چشم بر هم زدنى اردوى ابراهيم خان پراكنده شد و او خود به سوى قم گريخت . درين ميان ، افراد قزلباش پادگان قم نيز بر سر افغانان و اوزبكان ريختند و آنان را از شهر بيرون كردند و دروازهء شهر را بستند . چند روز بعد ابراهيم خان به قم رسيد و چون به نيرنگ و تمهيد نتوانست به شهر درآيد به جنگ پرداخت . اما پس از سه چهار روز سپاهش متفرق شدند و از آن ميان ، آزاد خان افغان با پانزده هزار سوار از او جدا شد . ابراهيم خان به قلعهء قلاپوربين ساوه و قزوين گريخت . اهل قلعه او را گرفتند و مراتب را به دربار شاهرخ اطلاع دادند . شاهرخ چند نفر را بر سر او فرستاد و آنان نخست به دستور شاهرخ او را كور كردند و سپس در طى راه وى را به قتل رساندند و نعشش را به مشهد بردند و على شاه را نيز در روز ورود به مشهد به قصاص خون شاهزادگان نادرى كشتند . بدين ترتيب حكومت بر شاهرخ ميرزا قرار گرفت . شاهرخ چنان كه گفته شد پسر رضا قلى ميرزا و فاطمه سلطان بيگم دختر شاه سلطان حسين بود . وى در هنگام قتل نادر چهارده سال داشت . على شاه كه همهء فرزندان و نوادگان نادر را كشته بود ، وى را از قتل معاف داشت . اما شهرت داد كه وى نيز كشته شده است . زيرا بدين وسيله مىخواست نظر مردم را نسبت بدين امر دريابد . چه مىدانست كه مردم شاهرخ را به سمت انتسابش به صفويه دوست مىدارند و وارث سلطنت صفويه مىشناسند اما سلطنت شاهرخ سست و متزلزل بود . بدين معنى كه وى در قصد جان مير سيد محمد برآمد و اين كار موجب شد كه سرداران سركش و مغرور خراسان جانب مير سيد محمد را بگيرند