كرسى زبان و ادبيات عربى گرديد و بعد به‌سمت معاونت دانشكده خاورشناسى ( 1921 تا 1936 ) و سپس به رياست آن دانشكده رسيد و از 1936 تا 1942 در اين مقام باقى ماند . در سال 1942 از خدمت در دانشگاه بازنشسته شد ولى همكارى وى با آن مركز علمى ادامه يافت تا اين‌كه در سال 1950 يعنى در شصت و هفتمين سال زندگانى در دانشگاه پنجاب كار مديريت اجرائى طرح مهم دائرة المعارف اسلامى اردو را برعهده گرفت و تا آخرين لحظهء حيات در اين راه از پا نايستاد . وى در طول زندگانى غير از نوشتن كتابهاى مهم ، نشريه‌هاى ارزنده‌اى را براى استفادهء استادان و دانشجويان پايه‌ريزى نمود من‌جمله مجلهء دانشكدهء باستان‌شناسى و مجلهء انجمن عربى و فارسى دانشگاه پنجاب كه اين انجمن خود نيز زادهء انديشه وى بود و بنيانگذارى و مديريتش نيز با آن دانشمند خستگىناپذير . پروفسور محمد شفيع در سال 1953 به رياست هيئت حسن تفاهم پاكستان به تهران آمد و سال بعد باز براى شركت در هزارهء بو على سينا به تهران سفر كرد و در اواخر همين سال براى شركت در كنگرهء خاورشناسان به انگلستان رفت . اين شوروشوق علمى آميخته به صداقت و صميميت موجب گرديد كه دولت بريتانيا در سال 1942 وى را به عنوان « خان بهادر » مفتخر نمود ، دانشگاه پنجاب درجهء دكتراى افتخارى به دو داد ، دولت ايران نشان علمى درجه اول ( 1953 ) و دولت پاكستان نشان « ستارهء پاكستان » را به وى اعطا نمودند و در سال 1955 نيز ، كه هفتادمين سال عمر او فرارسيده بود ، چهل و يك تن از دوستدارانش در سراسر جهان ، من‌جمله چند تن از استادان دانشگاه تهران با انتشار مجموعه مقالاتى به نام ارمغان علمى خدمات وى را گرامى داشتند . بديع الزمان فروزان‌فر نيز ابياتى درين‌باره سرود : دهر و دوران كم آورد فرزند * چون محمد شفيع دانشمند آن به فضل و به معرفت مشهور * و آن مبرا ز نخوت و ز غرور