1304 ه . ق ، با ابلاغ يك فرمان مأمور انتظام ماليات توتون و تنباكوى كرمانشاه و همدان شد ، كه انحصار آن ، در همان تاريخ ، به ميرزا على اصغر خان امين السّلطان واگذار شده بود . 6 ميرزا حسين خان كه به موجب آن فرمان ، سررشته‌دار خزانهء مباركه شده بود ، مأمور ازدياد و بسط زراعت ، جمع‌آورى ماليات ، و جلوگيرى از تقلّبات و قاچاق بود . دولت ايران مىخواست جلوى خروج و فروش بدون اجازهء تنباكو و توتون را بگيرد . البتّه به احتمال زياد ميرزا حسين خان يا به اين مأموريت نرفته ، يا مدّت كوتاهى رفته است ، زيرا در همان سال رييس گمرك كاشان شده است . رياست گمرك كاشان مأموريّت چندان مهمّى نبود و طبق نامه‌هاى ميرزا حسن خان ، ميرزا حسين خان نيز به دليل مشكلات عديده‌اى كه با آن مواجه شده بود ، از اين كار رضايت نداشت . در سال 1306 ه . ق ، ميرزا حسن خان به اختلافاتى كه در امر گمرك بود ، اشاره كرده است : « عمدهء اين ضررها به واسطهء سدّ طرق و شوارع ، از كثرت بارندگى و عدم عبور قوافل به نحو سابق است . » 7 در قيام مردم عليه امتياز تنباكو ، ميرزا حسين خان فعّاليّت‌هايش مختل شد و قصد مراجعت داشت ، ولى منصرف گرديد . 8 يكى از بستگان به ميرزا حسين خان پيش‌نهاد كرد به شغل قبلى و هم‌كارى با سعد الملك بپردازد 9 ، ولى او اين كار را شايسته ندانست و مايل نبود رياست گمرك كاشان را از دست بدهد و مىخواست دولت براى او حقوقى تعيين كند ، يا تخفيفى بابت گمرك بدهد . هم‌چنين مىخواست مديريّت ماليّه را به او محوّل كنند . امين السّلطان تقاضاى وى را رد كرد و سال بعد باوجود مشكلات ، ميرزا حسين خان در همان شغل باقى ماند و در 1309 ه . ق ، بالأخره دولت براى او مبلغ 200 تومان حقوق تعيين كرد و سال 1312 ه . ق ، با 500 تومان حقوق ، كماكان در كاشان ماند . در سال 1314 ه . ق ، ميرزا حسين خان رييس گمرك اصفهان شد و پس از آن ارتقاء مقام يافت و طبق فرمان ، به او لقب سرتيپ اعطا شد . در همان سال ، امين السّلطان از صدارت معزول و ميرزا على خان امين الدّوله به جاى وى منصوب شد . تغيير صدراعظم ، موجب تغيير منصب ميرزا حسين خان شد و حسين قلى خان نظام السّلطنه ، يكى از رجال آن دوره ، در خاطراتش نوشته كه رياست گمرك در سال 1315 ه . ق به برادرش سعد الملك واگذار شده 10 و افزوده است :