دانشمند و صاحب نفوذى چون جعفر و دشمن نيرومندى مانند جهانشاه قراقويونلو روبه‌رو بود ، به درستى پى برد كه با رويّهء مسالمت‌آميز نمىتواند آنان را از مخالفت بازدارد و به اردبيل بازگردد . او براى غلبه بر مخالفان ، چاره ديگرى جز جنگ نمىديد . روحيّه ماجراجويى و شوق به دست آوردن قدرت نيز او را به سوى جنگ مىكشاند . او با قدرت كلام و جذبهء شخصيّت ، اطرافيان خويش را كه تنها عامل تحقّق آرمانش بودند مسحور خود ساخت . آنان چنان مجذوب شخصيّت تواناى جنيد شده بودند كه براى او مقامى برتر از همهء مقدّسان مذهبى قائل شدند و جنيد را خداى زنده مىدانستند . فضل الله بن روزبهان خنجى ، منشى و وقايع‌نگار يعقوب بيك آق قويونلو ، سنّى متعصّب و ضد صفويان مىنويسد : « جهّال روم كه زمرهء ضلال و جنود شياطين خيال بودند . . . شيخ جنيد را الله و ولدش شيخ حيدر را ابن الله گفتند » . اين عقيده آشكار مىدارد كه مريدان جنيد از غلات شيعه بودند كه اعتقاد به تجسّم خداوند در وجود انسان دارند . آنان كه عموما در جهل و ناآگاهى به سر مىبرند ، زير تأثير جاذبهء شخصيّت جنيد چنان خودباخته گرديدند كه خود را بنده و او را پروردگار دانستند و با چنين اعتقاد مذهبى ، قربانيان معبد وجود او شدند . جنيد نيز كه براى به دست آوردن قدرت سياسى ، مذهب را وسيله قرار داده بود ، با تكيه بر جهل و عقب‌ماندگى فكرى مريدانش ، در تقويت ايمانشان نسبت به خود كوشيد . او كه براى جنگ با مخالفان ، اطاعت محض صوفيان مريد خود را لازم مىشمرد آنان را به گونه‌اى با سخنان و رفتار خود زير نفوذ قرار داد كه مريدان شرط صوفيگرى را اطاعت كوركورانه از دستورهاى مرشد كامل و جان باختن در راه او دانستند . جنيد اثر بسيار زيانبخشى در تاريخ ايران به جاى گذاشت . او از خود بت ساخت و پيروان خود را كه « جهّال » بودند به ستايش خود واداشت . او خود را خدا خواند و اين باور غلط را به مريدان خود تحميل كرد . اين خصلت فلج‌كننده قدرت تفكّر ، براى مردم ايران زيانها به بار آورده است . » ( نك : حبيب السير ، ج 4 ، صص 426 - 424 ؛ تشكيل دولت ملّى در ايران ، صص 30 - 15 ) .