آن نواحى كه بسيج شده بودند روياروى شد و شكست خورد و تا تهران عقب نشست . در سال 1789 جعفر را زيردستانش به حبس انداختند و سيد مراد خان خود را شاه خواند . اما ديرى نگذشت كه لطفعلى خان پسر جعفر به تخت نشست . در اين هنگام آقا محمد خان باز حمله آورد . اما كارى از پيش نبرد و به ناچار بازگشت . لطفعلى خان سرگرم بسيج براى مقابله با آقا محمد خان بود كه باز لشكر به اصفهان مىراند . نيرنگ‌هاى حاجى ابراهيم حاجى ابراهيم كلانتر شيراز كه دل با آقا محمد خان داشت به برادرش كه با لطفعلى خان همراه و در اردوى او بود نامه داد ، و با اين فتنه‌انگيزى در اردوى خان شورش درگرفت و او رو به شيراز آورد . اما حاجى ابراهيم در اينجا در كمين بود [ و شاهزادهء زند نتوانست وارد شيراز بشود . ] او سرانجام به بندر لنگه گريخت و در اين حوالى باز سپاهى گرد آورد و لشكر آقا محمد خان را كه به يارى حاجى ابراهيم كلانتر آمده بود دو بار شكست داد . او بار ديگر در نزديكى تخت‌جمشيد با آقا محمد خان روبرو شد و شبانگاه به او حمله آورد و تا حد امكان مقاومت كرد . اما تقدير اين بود كه كار زنديان به پايان برسد . او را به فرمان حاكم كرمانشاهان اسير كردند و نزد آقا محمد خان فرستادند . آقا محمد خان با لطفعلى خان رفتار بسيار سخت و اهانت‌آميز كرد و داد تا چشم‌هايش را درآوردند و او از شدت صدمه و آزارى كه ديد درگذشت . گويا پس از آن هم كه آقا محمد خان بر تخت نشست استخوان‌هاى نادر شاه و كريم خان را از گور بيرون آورد و به تهران فرستاد و داد تا آن را زير قاب در كاخ چال كنند تا هر روز كه از آن‌جا مىگذرد بر آن پا بگذارد . قاجاريان نياكان قاجاريان كه اكنون سلطنت ايران را در دست دارند طايفه‌اى از ايلات ترك بود . آنها قرن‌ها پيش به دنبال تيمور از ناحيهء سوريه كنونى به ايران آمدند . در حدود سال 1530 اين ايل به هفت طايفه جدا شد كه از يكى از آنها شاه اسماعيل برآمد كه سلسله صفوى را تأسيس كرد . در دورهء شاه عباس اين طايفه سرانجام به سه خاندان تقسيم شد كه يكى پس از چندى از ميان رفت و دومى در شهر مرو پايتخت مملكت مرگيانه ( Margiana ) كه اسكندر ساخته بود سكنى گرفت ، و خاندان سوم كه قاجار بود در استرآباد و گرگان مستقر شد . اينان خود به بخش عليا و سفلى جدا شدند ، و بخش عليا كه در ناحيه استرآباد بود تا زمان شاه طهماسب برترى داشت . اما شاه طهماسب از قاجاريان گرگان رئيس آنان به نام سلطان فتحعلى را امير ساخت .