در اين وقت آذربايجان در معرض تاخت و تاز تقتمش خان مخوف قزل‌اوردا قرار گرفت كه لشكركشى او بآذربايجان با غارت ، ويرانىها و بيدادگرىهاى شديد و اسارت بيرحمانهء توده‌هاى مردم ، ويرانى و خرابى شهرها و دهات و از بين رفتن آثار فرهنگ مادى همراه بود . مقدار زيادى از منابع كتبى و كتابخانه‌ها از ميان رفت . ما از بحث پيرامون حوادثى كه بعد از مرگ تيمور و در زمان حكومت تيموريان ، قره‌قويونلو ، آق‌قويونلو ، صفويان و غيره در خاك آذربايجان و بطور كلّى در خاور نزديك و ميانه رخ داده صرفنظر نموده فقط اشاره ميكنيم كه يورش چنگيز بر كشورهاى متمدن و فرمانروائى بعدى فئودالهاى كوچ‌نشين و نيز حوادثى كه باختصار شرح داديم در وضع انكشاف نيروهاى مولده تأثير بد وصف ناپذيرى باقى گذارد و يكى از علل اساسى تنزّل تمدّن در خاور زمين همين وقايع بود . در اثر اين حوادث چنان كه در بالا اشاره شد ، آثار گرانبهاى بيشمارى از تأليفات نويسندگان قرون وسطائى خاور محو و سوزانده شد و از حيّز انتفاع افتاد كه در ميان آنها نسخه خطّ خود مؤلف و شايد نسخهء ديگر از كتاب اين دانشمند و متفكّر قرن چهاردهم را ميتوان نام برد . با وجود همه اينها ما اميدواريم در آينده نسخ خطى آثار بسيارى از مؤلفين قرون وسطاى خاور و شايد كتبى كه بخطّ خود آنان از جمله نسخ ديگر خطى كتاب محمّد نخجوانى و دستنويس خود وى پيدا شود و به اين ترتيب گنجينهء نسخ خطى نويسنده و سياست‌مدار ما با نسخ جديدى