شيراز فرستاد كه مردم را به او بخوانند و اين در وقتى بود كه حسين خان آجودانباشى در حكومت فارس استقلال داشت . پس از آنكه حسين خان از واقعه آگاه شد چند تن از پيروان او را به دست آورده پى آنها را بريد و كس به بوشهر فرستاده سيد على محمّد را در نوزدهم رمضان به شيراز آوردند و به دروغى به او اظهار ارادت نمود و گفت كه من توپخانهء فارس را با تو حركت دهم و با منكران تو جنگ كنم . سيد على محمّد گفت چون دنيا را مسخّر كردم مملكت روم را به تو خواهم داد . حسين خان آجودانباشى صاحب اختيار گفت بهتر آنست كه حجت خود را بر علماى عصر تمام كنى تا تابع تو گردند آن وقت كار عامه سهل است و مجلسى از علما و فقها منعقد نمود و سيّد يحيى پسر سيد جعفر دارابى معروف به كشفى كه پيروى باب اختيار كرده بود نيز در آن مجلس حاضر شد . سيد على محمد به علما گفت شما چگونه از متابعت من سرپيچيد و حال آنكه از پيغمبرى كه به دين او هستيد جز قرآنى در ميان نيست و قرآن من افصح از آنست و دين من ناسخ دين آن پيغمبر مىباشد . علما بنابر مواضعه‌اى كه با حسين خان داشتند ساكت شدند . حسين خان گفت بهتر آنست كه احكام خود را در صفحه‌اى بنويسيد تا همه بخوانند و پيروى كنند . سيّد على محمّد چند سطرى نوشت چون علما بديدند همه لجن و غلط بود . حسين خان صاحب اختيار گفت تو با اين پايه و مايه چگونه دعوى برترى بر حضرت رسول صلّى اللّه عليه و آله نمائى ؟ پس فرمان داد تا او را از مجلس بيرون كشيدند و چوب زياد زدند . او كلمات عاميانه در اظهار پشيمانى گفت و اظهار توبه نمود . بعد از آن روى او را سياه كردند و به مسجد شيخ ابو تراب امام جمعه بردند و او پاى شيخ را بوسيده خود را لعن كرد و مدت شش ماه حبس بود تا خبر او در عراق منتشر شد و بر منوچهر خان معتمد الدوله مشتبه كردند كه او از نيكان است . معتمد الدّوله چند نفر را به شيراز فرستاد . سيّد على محمّد را به اصفهان آوردند و صاحب اختيار سيّد يحيى را از توقّف در شيراز منع كرد و او به يزد رفت . و معتمد الدوله شبى علما و حكما را جمع كرد و سيّد على محمّد در آن مجلس از عهدهء سئوال و جواب برنيامد و بطلان اقوال او ظاهر گشت . پس از آن باز معتمد الدوله وى را در منزلى مخفى داشت و شهرت داد كه