تصميم او قطعى شود در حدود قوچان مريض شد و در شب نهم جمادى الاولى سال 551 وفات كرد . وفات سلطان سنجر در 14 ربيع الاول 552 اسيرى سنجر در دست تركان غز سه سال و اندكى طول كشيد و در اين مدّت سلطان از ترس آنكه مبادا زوجه‌اش در دست تركمانان اسير بماند حاضر بفرار نشد . بعد از آنكه خاتون وفات يافت سلطان بهمدستى جمعى از پاسبانان خود را به قصد شكار بكنار جيحون رساند و بتوسّط كشتيها كه صاحب ترمذ قبلا تهيّه ديده بود به آن شهر رسيد و با لشكرى كه صاحب ترمذ و بعضى ديگر از امرا ترتيب داده بودند بمرو آمد و بار ديگر بسلطنت نشست امّا ضعف پيرى و اندوه مرگ جفت و خرابى بلاد و بروز سركشان بتدريج او را از پا درآورد و سال بعد در 14 ربيع الاوّل فوت كرد و در مروشاهجان پاىتخت خود مدفون شد در حالى كه عمرش بهفتاد و دو رسيده و از مدّت امارت و سلطنتش قريب شصت و يك سال گذشته بود . سلطان سنجر يكى از بزرگترين و بهترين سلاطين ايرانست و او علاوه بر آنكه شجاع و كريم و رعيّت دوست بوده در آبادى و رفاه حال مردم و حكومت دادن امن و امان جدّ بليغ داشته و بجز در دو واقعه از جميع محاربات فاتح بيرون آمده و از اقصاى كاشغر تا لب درياى مديترانه و از قبچاق تا ساحل هرموز و حرمين بنام او خطبه ميخوانده‌اند و از حدود 511 كه سال جلوس اوست بسلطنت تا هنگام مرگ سلاطين و خوارزم و غزنين و عراق و تا جنگ قطوان امراى كاشغر و ماوراء النّهر همه دست‌نشاندهء او بودند و بدربار او خراج ميفرستادند . فتوحى كه او را در غزنه و ماوراء النّهر و غور و خوارزم نصيب شد هيچيك از سلاطين سلجوقى را دست نداده بود و اگرچه او در مغرب بفتوحاتى تازه نايل نيامده ليكن در سمت مشرق و شمال شرقى دولت سلجوقيان را وسعتى تازه بخشيده و با ضميمه كردن بلاد امراى غزنوى و غورى و درهء علياى سيحون حدّ ممالك سلجوقى را از اين طرفها جلوتر برده است . امر ديگرى كه نام سنجر را در تاريخ و ادبيّات ايران بلندآوازه كرده توجّه