امراى او گاهى نيز به جهت از ميان بردن دشمنان پنهانى با باطنيّه ميساختند و از ايشان يارى ميطلبيدند چنان كه در جنگ پوژگان كه بين سنجر از طرفى و امير حبشى و بركيارق از طرفى ديگر روى داد 5000 تن از سواران امير اسماعيل بن گيللى امير اسماعيلى طبس و قاين بمدد امير حبشى و بركيارق آمده بودند و چون در ميان كسانى كه بدست فدائيان باطنى كشته شده بودند اكثريّت با اصحاب و ياران غياث الدّين محمّد مدّعى و خصم بركيارق بود كم‌كم چنين شهرت كرد كه بركيارق با اسماعيليّه همدست است و فدائيان باشارهء سلطان دست به اين قتلها ميزنند بخصوص كه پس از شكست محمّد در سال 494 و قتل مؤيّد الملك اسماعيليّه در دستگاه كشورى و لشكرى بركيارق نفوذى فوق العاده يافتند و جمعى را بآيين خود آوردند و اگر كسى با ايشان راه مخالفت ميرفت او را علنا بقتل تهديد مىنمودند و خواصّ و وزراى بركيارق از ترس هميشه با خود سلاح همراه داشتند و به همين حال هم بحضور سلطان بار مىيافتند . بركيارق براى دفع اين تهمت كه اتباع برادرش محمّد آتش آن را دامن ميزدند تصميم بسركوبى و قتل باطنيان گرفت و در يزد و الجزيره جمعى از رؤساى ايشان را كشت . با اين حال مادّهء اين طايفه قلع نشد و دست سلطان و اتباع او بقلعه‌هاى مستحكمى كه اين جماعت در اكثر نقاط ايران در تصرّف داشتند نرسيد . در ايّام سلطنت سلطان غياث الدّين محمّد كار احمد بن عبد الملك عطّاش و ياران او كه در شاهدز اصفهان جاى داشتند سخت بالا گرفت و محمّد ديد كه در جنب پاىتخت او آشيانهء فساد عجيبى برپاست . امر داد تا شاهذر را در محاصره گرفتند عاقبت احمد در سال 500 هجرى تسليم شد و محمّد او و پسرش را كشت و شاهدز را خراب كرد و كسى كه بتدبير او شاهدز مسخر و احمد تسليم شد وزير سلطان محمّد سعد الملك سعد بن محمّد آبى بود كه از ابتداى سلطنت اين سلطان وزارت او را داشت . سعد الملك آبى پس از فتح شاهدز قلعهء خان لنجان را هم كه از قلاع معتبر اسماعيليّه و در هفت فرسنگى اصفهان بود از ايشان گرفت و شهرت و قدرتش افزايش يافت امّا او را پيش سلطان بهمدستى با باطنيان متّهم ساختند و محمّد او را در شوّال