امراى موصل و حلّه و الجزيره كمك گرفته بود مغلوب محمّد شد و ناگزير بپناه امير حبشى از امراى سلطانى كه در اين تاريخ بر قسمتى از خراسان و خوارزم امارت داشت فرار كرد امّا سنجر بر خلاف جانب برادر پدرى و مادرى خود محمّد را گرفت و در جنگ پوژگان بركيارق و حبشى را منهزم ساخت بركيارق باصفهان آمد و امير حبشى دستگير و مقتول شد . در جنگ سوّم جمادى الاخرى سال 494 در نزديكى همدان بركيارق كه بهمراهى يكى از امراى محمّد پشت گرم شده بود و بر برادر غلبه كرد و مؤيّد الملك بدست يكى از غلامان مجد الملك اسير افتاد و بركيارق با اينكه ابتدا ميخواست با گرفتن پولى گزاف وزارت خود را به او واگذارد بر اثر قتل مادر بدست مؤيّد الملك و جفاكاريهاى ديگر او را بدست خود گردن زد . سوّمين جنگ بين محمّد و بركيارق در صفر سال 495 در نزديكى نهاوند رخ داد چه محمّد كه پس از شكست سال قبل بخراسان پيش سنجر رفته و به يارى برادر و با او ببغداد رهسپار گرديد و خليفه و بعضى از امراى عرب به او كمك نمودند و محمّد بجنگ بركيارق بنهاوند آمد و پس از يكى دو روز جنگ مختصر بالاخره بين طرفين صلح شد و مقرّر گرديد كه گنجه و ارّان و آذربايجان و موصل تحت امر محمّد باشد و بقيّهء ممالك سلجوقى با عنوان سلطنت حقّ بركيارق . در مراجعت بقزوين محمّد از اين مصالحه پشيمان شد و كسانى را كه واسطهء عقد آن شده بودند بسستى و خيانت منسوب كرد و از شناختن سلطنت برادر امتناع نمود و با لشكرى فراوان برى آمد و در جمادى الاولى از همين سال 495 با برادر روبرو شد امّا پيش از جنگ سپاهيان او پراكنده شدند و محمّد با هفتاد سوار به طرف اصفهان منهزم گرديد و چون پاىتخت از سلطان خالى بود آنجا را بتصرّف آورد و شهر را بر روى بركيارق بست . بركيارق باصفهان آمد و شهر را در محاصره گرفت و محمّد پس از هفت ماه مقاومت عاقبت چون عاجز شد از اصفهان بهمدان گريخت و در آنجا لشكرى كه بهمراهى