زندقه در آن زمان نظير اتهام كمونيستى در زمان ماست كه نمىتوان گفت همه متهمين به كمونيستم ، واقعا كمونيست ، هستند نه مىشود ادعا كرد ، كه اصلا و مطلقا كمونيست وجود ندارد . نخستين اتهامى كه به عنوان زندقه به روايت الفهرست بسته شده درباره جعد بن درهم است كه در كوفه به امر خليفه هشام و به دست خالد القسرى كشته شد . عقايد جعد هم در چهارچوب اسلام است و چيزى از ثنوبت در او نيست . حركت زندقه در قرن اول خلافت عباسى پا گرفت و با نفوذ خاندانهاى ايرانى در دربار خلافت و ظهور افرادى مانند ابان اللّاحقى و ابن المقفع رونق و رواجى يافت چنان كه تزندق دليل روشنفكرى شمرده مىشد ، ليكن با قتل ابن مقفّع و تعقيب زنادقه در دوران مهدى و رشيد ، دوره انحطاط زندقه آغاز شد و زنديقان در برابر فشار سياسى و علمى مسلمانان تاب نياوردند و كار به جايى رسيد كه در زمان نويسندهء فهرست ، از آنان در بغداد جز چند كس گمنام به جا نمانده بود . يكى از ملحدان آن دوران گويد : ايمان كوركورانه بىمعنى است . وى مىگويد اين « مدعيان ، به دعوى اينكه پيغامى خاص از سوى خدا دارند رشتهء تقليد به دست و پاى بشر نهادند ، ليكن سخافت دعوى آنان از اينجا پيداست كه با هم به نزاع برخاسته و به مخالفت هم صف آراسته‌اند . . . به عقيدهء رازى اگر كتابى به عنوان حجّت بتوان ارائه كرد از كتابهاى علمى مانند مجسطى و كتب منطق و هندسه و طب خواهد بود . پايه فكر رازى بر علوم مثبت است كه به نظر وى بايد بر جهان حكومت كنند و علم مايه خوشبختى بشر تواند بود ، و حال آنكه برخى از مذاهب جز كينه و اختلاف و خونريزى چيزى نياورده‌اند . انبياى حقيقى ، جز حكما و علمايى از قبيل بطلميوس و اقليدس نيستند . . . اين بود خلاصه عقايد انقلابى اين مرد كه در قرن دهم ميلادى مىزيسته و ظاهرا كتاب خود را در تعقيب مباحثه فلسفى كه در دربار مرداويج زيارى پيش آمده نوشته است . عجب است كه اين مرد چگونه به سلامت جسته و توانسته است آزاد بگويد و بنويسد و زندگى كند . تسامحى كه در بعضى از جوامع اسلامى آن عصر بود ، شگفت‌انگيز است . با مرگ زكرياى رازى حركت الحاد به پايان مىرسد ، يعنى دوره رونق و كمال آن خاتمه مىيابد ، گرچه در زمانهاى بعد هم كسانى را به‌نام ملحد و زنديق مىگرفتند و مجازات مىكردند ليكن آنان از ربقهء اسلام بيرون نبودند و اساس اسلام را تخطئه نمىكردند و حال آنكه ابن المقفع و رازى و ابن راوندى با اصل اسلام مىجنگيدند ، اصالت فكر رازى در اين است كه وى نمىگويد كه اسلام را رد كنيم و گردن به دين ديگرى مانند مانويّت بنهيم بلكه او با ثنويّت نيز به شدت جنگيده است ( مراجعه شود به فهرست كتاب