تشكيل دهد و دعوت اسماعيليّه در ايران نفوذ غريبى پيدا كرد ، و همين كشمكشهاى مذهبى رفته‌رفته ، دماغ علما را از تحقيقات صحيح منصرف گردانيد و بردّ عقايد و تهمت به يكديگر مجبور ساخت و تعصّبات مذهبى سبب انحطاط فكر شد ، و علما به دشمنى فلاسفه برخاستند . تا اينكه موجبات تاليف كتاب تهافت الفلاسفه از همه حيث براى غزالى فراهم گرديد . در اين دوران در اثر رواج تعصب و جمود فكرى ، گروه متفكرين و فلاسفه ، از دست عوام و فقها ، افكار واقعى خود را پنهان مىكردند و عده‌يى مانند عمر خيام كتب مفصّل تاليف ننمودند و بدين‌جهت كتب فلسفى ، پيچيده نوشته مىشد ، زيرا علنا و با عبارت ساده افكار فلسفى را نمىتوانستند بنويسند ، در نتيجهء دعوت اسماعيليه ، مبلغين اسماعيلى كتبى به پارسى تاليف كردند و تبليغ مذهبى ، جزء موضوعات شعر نيز گرديد ، چنان كه اين معنى را در اشعار ناصر خسرو خوب مىتوان دريافت ، كه غرض او تنها شاعرى نيست بلكه هدفش تبليغ عقايد و نظريات جديدى است . اصولا مدارس نظاميّه براى ترويج فلسفه و فكر آزاد بنا نشده بود ، علومى كه در آنجا تدريس مىشد عبارت بود از فقه و تفسير و ادبيّات عرب و علم كلام ، ليكن فلسفه به‌طور تحقيق درس داده نمىشد . و نظام الملك به حكم مقتضيات زمان و معتقدات شخصى با شعرا و فلاسفه رابطه خوبى نداشت ، با اينحال در همين اوان ، دوباره در خراسان توسط ابو العبّاس لوكرى آثار فلسفى منتشر گرديد . نزاع فرق مذهبى هرچند انتقاد علماى اين عصر بيشتر مبتنى بر تعصّب بود و در مقام كشف حقيقت نبودند ، چون انتقاد فى ذاته مهم و آموزنده است ، در عالم فلسفه ، هريك از صاحبنظران به طرفدارى يكى از متقدميّن برخاستند ، عده‌اى طرفدار بو على بودند و از تدريس آثار ابو نصر فارابى خوددارى مىكردند و برخى كتب ابن سينا را شايان تدريس نمىشمردند . اين نزاعها ، و اعمال غرضها به زيان علم و فرهنگ تمام شد . زيرا گاه مخالفتها از قلمرو بحث قلمى و زبانى تجاوز مىكرد و گاه دسته‌يى كتابخانه‌هاى مخالفين خود را سوخته و مدارس آنها را خراب مىكردند . چنان كه از نزاعهاى شافعيّه و حنفيّه و تحقيق در تاريخ آنها اين قضيّه به ثبوت مىپيوندد . و همين نزاعها سبب گرديد كه در بوستان فرهنگ و ادب فارسى چنان كه انتظار مىرفت گل تازه‌يى نرويد و اثر بديعى پديد نيايد . روىهم‌رفته در اين دوره ، تركان غزنوى و سلجوقيان به نشر علوم توجه خاصى