روز وفات عمر او هجده سال بود ، و هشتاد و پنج روز بود بعد از رحلت رسول خدا صلّى اللّه عليه و آله كه از دنيا رحلت كرد ، پس امير مؤمنان او را غسل داد در حالتى كه غير از او و حسن و حسين و زينب و ام كلثوم و فضّه كنيز او و اسماء بنت عميس كسى ديگر حاضر نبود ، و او را به جانب بقيع برد در شب و با او بود حسن و حسين ، و نماز بر او گزارد ، و احدى را اعلام نكرد به وفات او ، و نماز نگزارد بر او احدى از ساير مردمان ، و او را در روضهء پيغمبر دفن كرد ، و آثار قبر او را محو نمود ، و شب را در بقيع صبح كرد ، و چون بدن فاطمه دفن كرده شد در بقيع چهل صورت قبر تازه قرار داد . و چون مسلمانان وفات او را دانستند آمدند بسوى بقيع چهل صورت قبر يافتند ، و امر برايشان مشكل شد و ندانستند قبر فاطمه كدام است ، مردمان شيون‌كنان بعضى از ايشان بعض ديگر را ملامت كردند و گفتند پيغمبر شما غير از يك دختر نداشت كه او هم بميرد و دفن شود و به وفات و نماز بر او حاضر نشديد و ندانستيد كه قبر او كجاست ، پس اولياء امر ايشان گفتند : بعضى از زن‌هاى مؤمنين را بيائيد يا بياوريد كه اين قبرها را نبش كنند تا قبر فاطمه را بيابيم و بر او نماز بگزاريم و قبر او را زيارت كنيم . پس اين خبر رسيد به امير مؤمنان عليه السّلام ، آن حضرت به حالت غضبناك بيرون آمد در حالتى كه چشم‌هاى او قرمز شده بود و رگ‌هاى او راست شده بود ، و قباى زردى كه در جنگ‌ها مىپوشيد پوشيده ، و به شمشير خود تكيه كرده بود وارد بقيع شد ، چون مردمان چنين ديدند ترسيدند و به همديگر گفتند : اين على بن ابى طالب است كه مىبينيد به حالت غضبناك مىآيد و به خدا سوگند ياد مىكند كه اگر سنگى از اين قبرها برداشته شود با شمشير ذوالفقار خود بر گردن‌ها فرود آورد .