منهجه واما منهجهم : فهو ترتيب أبحاث التفسير على النحو التالي : 1 - كتابة الآية بشكل كامل . 2 - تثبيت الملاحظات ومواضيعها المستفادة من الآية . 3 - توضيح ما يستدعي بيانه حينما تكون الإفادة من الآية غير واضحة . 4 - كتابة الملاحظات المستفادة من الروايات والتي تتعلق بمتن الآية ، وأن أغلب الملاحظات الروائية دونت في ذيل الآية . 5 - كتابة بعض الملاحظات المستفادة من عدة آيات أو سياقها ، أو الربط بين مجموعة من الآيات . ومن خصائص هذا التفسير ، توفره على تثبيت المصطلحات والعناوين المرتبطة بالآية ، المشتقة من الملاحظات التفسيرية . ورغم ضرورة تثبيت هذه العناوين مقابل كل واحدة من الملاحظات ، جاءت هذه المصطلحات والعناوين بشكل مفهرس في نهاية كل آية ، وأخذ كل عنوان رقما يعادل الرقم الذي يتعلق بالملاحظة ذات العلاقة . يعتمد التفسير في المركز كما ذكر في مقدمته : أسلوب العمل الجماعي لتنظيم وضبط العمل ، فكل لجنة رباعية أو خماسية تبدأ بالتدبر في مضمون الآية ودلالته بعد مطالعة وقراءة أكثر من خمسة عشر تفسيرا من تفاسير الشيعة والسنة ، ثم تثبيت ما حصلوا عليه ، وبعد ذلك ، يعقد لقاء للمناقشة مع كل واحد من أعضاء اللجنة باشراف مسؤول اللجنة . وبعد تثبيت الملاحظات المستفادة من الآية ، تقوم لجنة الروايات بالمناقشة لتثبيت الملاحظات التي تستخلص من الروايات . فتقرأ الروايات الواردة حول الآية قراءة دقيقة ، وحينما يكون هناك مفهوم جديد تطرحه الرواية يضاف إلى ظاهر الآية ،