منزل نبود و به علت مسموميّت شديدى كه شب قبل بر ايشان عارض شده بود ، در بيمارستان نجف بسر مىبرد . قرار اين بود كه ايشان را دستگير و شبانه روانهء بغداد كنند . ابتدا منزل را محاصره و خادمش را مضروب مىكنند تا شهيد صدر را بيابند . در اين ميان شهيد بنت الهدى بيرون مىآيد و مىگويد سيّد مريض است و به بيمارستان نجف منتقل شده است . بعثيون بيمارستان را محاصره مىكنند و استاد شهيد را در بستر بيمارى گرفته و دستبند مىزنند و با مراقبت ويژهء امنيتى به بيمارستان كوفه منتقل مىكنند . آنگاه خبر اين حادثه در نجف پخش مىشود و علما و مردم براى ملاقات به بيمارستان كوفه هجوم مىآورند . سرانجام حكومت بعثى كه وضعيت را ناخوشايند مىبيند و از سيل جمعيت كه در اطراف بيمارستان جمع شده بودند به هراس مىافتد ، ايشان را رها مىكند . مجددا استاد شهيد به بيمارستان نجف منتقل مىشود و پس از بهبودى نسبى به منزل مراجعت مىكنند . به‌هرحال اين حادثه سبب شد توجه عمومى به استاد شهيد بيشتر شود . مرتبه دوم در ماه صفر سال 1397 دستگير مىشوند . در اين سال شور و هيجان خاصى در ميان عزاداران حسينى در اربعين آن حضرت پيدا شده بود . كاروانهاى مختلف براى حركت از نجف به سوى كربلا آماده شده بودند . اين موج جديد كه رنگ مخالفت با حكومت را داشت ، از طرف استاد شهيد حمايت و هدايت مىشد . ايشان دستور داده بودند همهء كاروانها از نظر مالى تقويت شوند . استاندار وقت نجف حركت كاروان عزاداران را با پاى پياده به سوى كربلا ممنوع اعلام كرد . ولى مردم غيور و شيعيان مخلص نجف بدون هيچ باكى در مقابل حكومت ايستاده و سوگند ياد كردند به هر شكلى شده خود را پياده به كربلا برسانند و به زيارت امام حسين ( ع ) بروند . حكومت بعثى از ترس درگيريهاى بيشتر در ساعات آخر قرار منع را لغو كرد و در يك عقب‌نشينى ذلت‌بار به علما و مراجع متوسّل شد تا عزاداران را از سر دادن شعارهاى ضد حكومتى و اظهار مخالفت با بعثيون بازدارند .