در پى اين حادثه و نقطه ضعفى كه حكومت در مقابله با مردم نشان داد ، موج دستگيرى عناصر انقلابى و فعّال به قصد انتقام‌جويى شروع شد . چون بعثيون دريافته بودند كه دست مرجعيّت پشت اين صحنه است ، شهيد صدر را گرفته و روانه بغداد كردند . در بازداشت ، استاد شهيد را ضرب و شتم فراوان كردند ، به طورى كه بعد از مراجعت آثار ضرب بر بدن شريفشان به جاى مانده بود و به‌سختى از پله‌ها مىتوانستند بالا روند . سرانجام همان روز ايشان را رها كردند كه به نجف بازگشتند . شهيد صدر مىفرمودند مسئول ادارهء امنيت خطاب به من گفت ما مىدانيم كه شما پشت سر اين فعاليتهاى خصمانه هستيد و به مخالفان كمك مالى مىكنيد . در وقت مناسب از تو انتقام مىگيريم و اگر ما مشغول سركوبگرى اين آشوبها نبوديم ، حتما اعدامت مىكرديم . مرتبهء سوم در ماه رجب سال 1399 بود كه ماجراى دستگيرى ايشان را از زبان شيخ محمد رضا نعمانى - كه تا روزهاى آخر همراه استاد بودند - نقل مىكنيم : پيروزى انقلاب اسلامى ايران وحشتى در دل بعثيون انداخت . زيرا در عراق همه چيز آماده بود و زمينهء انقلابى شبيه ايران بيش از همه جا در آن فراهم بود . بيم آن مىرفت كه موج انقلاب از ايران تا عراق كشيده شود . در ابتداى پيروزى انقلاب حزب بعث به عنوان حامى و مؤيد انقلاب ايران موضع‌گيرى كرد . صداى عربى جمهورى اسلامى ايران در بين مردم عراق بيش از همه جا شنونده داشت ؛ حتى افسران حزب در مقر خود به آن گوش مىدادند . سرود « خمينى اى امام » با اينكه به فارسى بود ، توسط بچه‌ها در مدارس خوانده مىشد . ولى پس از مدتى حزب بعث موضع خود را عوض كرد . گوش دادن به صداى عربى جمهورى اسلامى ايران را رسما ممنوع و داراى مجازات اعلام كردند و روى آن موج مزاحم انداختند . انقلاب اسلامى ايران را مرتجعانه خواندند و حركت تبليغاتى بر ضد آن را شروع كردند . چون مرجعيت و رهبرى استاد شهيد بزرگترين خطر براى بعثيون در داخل عراق به حساب مىآمد ، مراقبت بسيار شديدى نسبت به ايشان اعمال مىشد و درصدد بودند هر ريز و درشتى از كارهاى ايشان را بدانند .