جانش شررى برانگيخت ، كه درنگ را جايز نديد و همراه پسرعمويش آيت اللّه سيد محمّد حسين هاشمى خويى در 12 جمادى الثانى 1286 ه . ق ، رهسپار نجف شد . پدرش امين الرعايا در اوّل حق اليقين علامهء مجلسى چنين نگاشت : مشرف شدن نور العيونى آقاى مير حبيب اللّه - حفظه اللّه تعالى - به عتبات عاليات عرش درجات ، به عزم تحصيل كه در دوازدهم شهر جمادى الا به همراهى نور ديدهء جناب آقاى مير محمّد حسين از خوى حركت و روانه شده ، جناب بارى به حق مقربان درگاه خود ، هردو را فرموده ، در غربت ناساز نفرموده ، از شر شيطان جن و انس و من شر الاعداء نگه داشته ، به سلامتى و تندرستى به وطن مألوف عالم و فاضل با عمل برگرداند ، ان شاء اللّه ، سنهء 1286 . « 1 » اساتيد حاج ميرزا حبيب اللّه خويى در نجف اشرف به درس استادان بزرگ حوزه مانند آيت اللّه سيد حسين كوه كمرى حاضر شد و بيانات ژرف او را در فقه و اصول به رشتهء تحرير درآورد . او بسيار موردتوجه استادش قرار گرفت ، به گونه‌اى كه استاد در اولين صفحهء تقريرات درسش چنين نگاشت : . . . الممتاز بين الاقران و الامثال العالم الكامل و الفاضل الماهر ، الخبير بمبانى الفروع من العلوم الادبية و القواعد الاصولية لا يشبه ذهنه ذهن اوساط الناس . « 2 » او به غير از اين درس ، در بحثهاى آيات عظام : ميرزا حبيب اللّه رشتى و ميرزا محمّد حسن شيرازى هم شركت كرد ، مبانى علمىاش را استوار ساخت و سرمايه‌هاى گرانبهاى بسيار در فقه ، اصول و حديث اندوخت .

--> ( 1 ) . حسينى خويى ، مقدمهء منهاج البراعة ، ج 1 ، 4 . ( 2 ) . حسينى اشكورى ، تراجم الرجال ، ج 1 ، 138 .