پس از درگذشت شيخ انصارى در 1281 ه . ق ، محقق همدانى به درس آيت اللّه ميرزا محمّد حسن شيرازى رفت ، و سالهاى فراوان از محضر پربار او بهره برگرفت . « 1 » همچنين در نجف ، مدتى چند از درس علامه سيد محمّد هاشم خوانسارى اصفهانى استفاده كرد . « 2 » اما عمده استفاده‌اش از درس ميرزاى شيرازى بود ، به‌طورى كه به او اختصاصى تام و علاقه‌اى وافر داشت . البته در مقدمه مصباح الفقيه از آيت اللّه ميرزا محمّد تقى شيرازى نيز به عنوان يكى از مشايخ او نام برده شده ، اما اين قول بدون مدرك است . هجرت به سامرا در سال 1291 ه . ق ، ميرزاى شيرازى نجف را به سوى سامرا ترك كرد و با تأسيس حوزهء علميه سامرا ، طرحى نو درافكند . به دنبال مهاجرت ميرزا ، شاگردانش هم گروه‌گروه به سامرا رفتند ، كه يكى از آنان حاج آقا رضا همدانى بود . وى در سامرا از برترين و معروفترين شاگردان استادش بود و درس و بحثش زبانزد همگان به شمار مىرفت . او مرتب تقريرات درس ميرزا را مىنوشت . در ميان شاگردان ميرزا بسان خورشيد مىدرخشيد ، و آگاهترين ايشان در فقه و اصول شمرده مىشد . « 3 » بازگشت به نجف محقق همدانى پس از آنكه چند سالى را در سامرا به تدريس ، تأليف و تحصيل پرداخت ، در زمان حيات ميرزا به نجف اشرف بازگشت و به تدريس ، تأليف ، اقامه جماعت و تربيت شاگردان پرداخت . البته سال بازگشت وى به درستى روشن

--> ( 1 ) . مرعشى نجفى ، الاجازه الكبيره ، ص 414 . ( 2 ) . موسوى كاظمى ، احسن الوديعه ، ج 1 ، ص 179 . ( 3 ) . تهرانى ، نقباء البشر ، ج 2 ، ص 777 .