شافعيان بود مىتوانست تنها بازتاب‌كننده اختيارهاى فرمانروا از براى برترى دادن به آيين يك مذهب در مراسم رسمى باشد ، اما طغرل بيگ سرانجام از اين پا فراتر نهاده و آشكارا به جلوگيرى از كيش شافعى پرداخت . در سال 445 / 1053 دو سال پيش از آمدنش به بغداد فرمان داد تا از فراز منبرهاى مسجدهاى خراسان اشعرى را دشنام دهند اشعريانى كه درباره اين رويداد سخن گفته‌اند بيشتر كوشيده‌اند تا گناه صدور اين فرمان را به گردن وزير طغرل يعنى عميد الملك كندرى كه به داشتن گرايش‌هاى معتزلى و شيعى متهم بود ، بيفكنند . اما از نامه‌اى سرگشاده در پشتيبانى از مكتب اشعرى به خامه ابو القاسم قشيرى كه يكى از قربانيان شكنجه و آزارى شد كه چندى بعد بر اشعريان نيشابور رفت ، روشن است كه سلطان به تن خود از اين كار پشتيبانى كرده بوده است . او از براى سركوبى پايدارى شافعيان فرمان داد تا چهار تن از بزرگان شافعى را دستگير و تبعيد كنند ، ابو المعالى جوينى بزرگترين متكلم اشعرى به بغداد گريخت سپس در مكه و مدينه پناه يافت . طغرل بيك به جاى رئيس شافعى شهر كه نماينده رسمى شهر بود يكى از كسان خاندان صاعدى را كه حنفى بودند به كار گمارد و به او لقب رئيس الرؤسا داد . گذشته از اشعريان ، كراميان و شيعيان ( رافضه ) نيز كه مهمترين دو گروه بعدى مسلمانان نيشابور را تشكيل مىدادند ، به گونه‌اى رسمى و به اتهام بدعتگذار در معرض لعن قرار گرفتند . با اين وصف با اينكه يكى از عقيده‌هاى الحادى كه اشعرى را به آن متهم مىكردند بيشتر در ميان معتزليان رواج داشت قرينه‌اى در دست نيست كه معتزليان را كه بيشتر حنفى بودند به الحاد متهم كرده باشند . شكنجه و آزار اشعريان تنها پس از مرگ طغرل در سال 455 / 1063 پايان گرفت . جانشين او الپ ارسلان ، نظام الملك را كه شافعىيى سرسخت بود به جاى كندرى مقام وزارت داد . در نيشابور ابو على منيعى كه از پشتيبانان توانگر شافعيان بود اينك مقام رئيس شهر يافت و به او اجازه داده شد تا دومين مسجد جامع شهر را از براى اجراى آيين‌هاى عبادى شافعيان بنيان نهد جوينى هم به زادگاه خود بازگشت . بدينسان الب ارسلان خواست تازيان‌هايى را كه شافعيان ديده بودند