كتاب‌هاى اصولى خود مطرح مىساختند مانند : قياس ، استحسان ، مصالح مرسله و غيره به‌تدريج از علم اصول خارج كردند . خارج كردن اين مسائل از علم اصول علاوه بر اينكه اين تأثير را داشت كه شيعه را از پاره‌اى از اتهام‌هاى اخباريان مبرّا مىساخت ، اين تأثير را هم داشت كه معلوم مىساخت كه دانشمندان شيعه ، راه خود را در تدوين علم اصول انتخاب كرده‌اند ، موضوع و هدف آنان در طرح مسائل اصولى مشخص شده است ، غرض ايشان تكميل منابع استنباط نبوده تا احيانا علاوه بر منابع اصلى استنباط ، منابع ديگرى را نيز بر آنها بيفزايند ، چه منابع استنباط نزد آنان ناقص نبوده تا به افزودن مسائلى آن را تكميل كنند ، بلكه هدف ايشان از تدوين علم اصول ، تحقيق در جوانب مختلف منابع فقه اسلامى و به دست آوردن راه صحيح استنتاج از آن است . مثلا : خبر واحد كه يكى از موضوعات مسائل اصولى است در علم اصول اين دوره در چند باب در جوانب مختلف آن بحث و گفتگو به عمل آمده است : يكى در باب حجيّت خبر واحد ، از لحاظ حجيّت سند خبر ، ديگر در باب حجيّت ظهور ، از لحاظ حجيّت دلالت آن ، سوم در باب تعادل و ترجيح ، از لحاظ جهت صدور و علاج معارضه و چهارم در باب عام و خاصّ ، از لحاظ جواز تخصيص عام كتاب به خبر واحد و همچنين اجماع و استصحاب و ساير موضوعات . بنابراين ابدا ضرورت ندارد كه موضوعاتى از قبيل : قياس ، استحسان ، مصالح مرسله و غيره از أمارات ظنيه كه ابدا در استنباط فقه شيعه مؤثر نيست بلكه از به كار بردن بعضى از آنها در راه استنباط در احاديث آنان به صراحت نهى شده است مورد بحث واقع شود ، لذا اين‌گونه از مسائل را به تدريج به كلّى از علم اصول شيعه بيرون ساختند . در عوض به حكم ضرورت پاره‌اى از مسائل را كه در كتاب‌هاى سابقين اساسا مطرح نشده و يا در سطحى بسيار ساده و محدود مطرح شده است در علم اصول به تفصيل مورد بحث قرار دادند ، مثلا حجيّت ظن مطلق ، علم اجمالى و مسائل مربوط به آن از قبيل اضطرار به بعض اطراف علم اجمالى ، خروج از محل ابتلاء و مسائل ديگر كه بعد از اين أحيانا به نمونه‌هاى ديگرى از آن نيز برمىخوريم . بنابراين علم اصول در اين دوره از قيد پاره‌اى از مسائل رهايى يافته و در عوض علاوه بر مسائل جديدى كه پيدا كرد ، بسيار دقيق ، عميق و توأم با تحقيق شد .