در علم كلام ، « شيخ » را نوشته‌هايى است كه شايد اهمّ آنها كتاب تمهيد الاصول « 1 » و تلخيص الشّافى « 2 » باشد . در علم تفسير ، مرحوم « شيخ » يكى از برجسته‌ترين آثار علمى خود ، « تبيان » « 3 » را تأليف نمود . او در اين كتاب انواع علوم قرآن از : قرائت ، معانى ، اعراب ، تحقيق در اطراف آيات متشابه ، پاسخ از مطاعن ملحدين و از فرق ملحدين چون مجبّره ، مشبّهه ، مجسّمه و ديگران و به‌علاوه نحوهء استدلال شيعه به آيات در اثبات معتقدات و اقوال خود در اصول و فروع ، همه و همه را با عبارتى موجز بيان داشته است . « شيخ » خود اين معنى را در آغاز مقدّمهء كتاب كبير « تبيان » بيان فرموده است . « 4 » امام المفسّرين « طبرسى » دربارهء اين تفسير در مقدّمهء تفسير كبير خود « مجمع البيان » گويد : « فإنّه « كتاب التّبيان » الكتاب الّذى يقتبس منه ضياء الحقّ ، و يلوح عليه رواء الصّدق ، قد تضمّن من المعانى الأسرار البديعة ، و احتضن من الألفاظ اللّغة الواسعة و لم يقنع بتدوينها و لا دون تبيينها و لا بتنميقها دون تحقيقها و هو القدوة أستضيء بأنواره و أطأ مواقع آثاره « 5 » » . « شيخ » بزرگوار در علوم مختلفهء ديگر نيز تأليفات بسيار گران‌بهايى دارد كه يكى از بهترين آن‌ها كتاب ثمين فهرست مىباشد . در اين كتاب اصحاب كتب و اصول را ذكر كرده و اساتيد خود را به آن‌ها منتهى نموده است . « 6 »

--> ( 1 ) - كتاب تمهيد الاصول - كه ظاهرا شرح كتاب « جمل العلم و العمل » سيّد مرتضى است هنوز به چاپ نرسيده است و برحسب اطلاع ، نسخه‌اى از آن در كتابخانهء آستان قدس است و عكسى از اين نسخه در كتابخانهء مركزى دانشگاه . ( 2 ) - اين كتاب - چنان كه زايد از نامش پيدا است - تلخيص كتاب « شافى » سيّد مرتضى است . اين كتاب يك بار در آخر كتاب « شافى » به سال 1301 ه ق در ايران چاپ شده است ، بار ديگر در سال 1383 ه ق در نجف اشرف با مقدّمه و تعليق آقاى سيّد حسين آل بحر العلوم . ( 3 ) - تفسير شريف « تبيان » اولين بار به كوشش مرحوم آية اللّه حجّت كوه‌كمرى در دو مجلّد بزرگ در بين سالهاى 1360 - 1365 چاپ شد ، بار دوم در نجف اشرف در ده جلد با مقدّمه محقّقانهء محقّق بزرگ شيخ آقا بزرگ تهرانى در حيات شيخ ، به همّت صاحب مكتبه امين طبع گرديد . ( 4 ) - ص 2 چاپ نجف . ( 5 ) - جلد اوّل صفحهء 10 چاپ صيدا . ( 6 ) - اين كتاب بجز چاپ ليدن و چاپ كلكته ( در سال 1271 ه ) در سال 1356 ه . ق نيز براى بار سوم در نجف اشرف به كوشش محقّق سيّد محمد صادق آل بحر العلوم با مقدّمه و تصحيح و تعليقات به چاپ رسيده است .