دستور قلع‌وقمع آقا خان را صادر كرد . آقا خان فرستاده‌اش را با نامه‌اى نزد حاكم شيراز فرستاد كه در آن آمده بود : « من ياغى نيستم و بر حكومت ، خروج نكرده‌ام . اما از كارهاى ميرزا آقاسى بخاطر شورشش عليه من و بددهنى و فحاشىاش ، بيمناكم . » حاكم شيراز جريان را به تهران اطلاع داد و ميان آن دو وساطت كرد . آقا خان به تهران آمد و در به دو ورودش به تهران به مرقد عبد العظيم واقع در شهر رى ، پناه برد . در اين ميان فردى بود به نام حاج عبد المحمد كه اهل محلات بود و قبلا در خدمت آغا خان محلاتى بوده است . وى سپس دنيا را - به حسب ظاهر - ترك گفت و در مسلك فقرا و عرفا درآمد . اين فرد كه رابطه خوبى با نخست وزير ، حاج ميرزا آقاسى ، داشت ، نزد او براى عفو آقا خان وساطت مىكند كه او هم اين تقاضا را مىپذيرد و آقا خان را به محلات مىفرستد تا در آنجا در انزوا زندگى كند . وى در آنجا تا سال 1255 ه در خوف و رجاء ماند ؛ اما همواره از حاج عبد المحمد رفتار مستبدانه‌اى را نسبت به خود مشاهده مىكرد و از ميرزا آقاسى سخنان غيرمنتظره‌اى مىشنيد كه از حد توان او خارج بود و نتوانست بيش از آن تحمل كند . ازاين‌رو دعوت مريدانش در كرمان ، خراسان ، كيج و مكران را كه - همواره - او را به سوى خود فرا مىخواندند ، پذيرفت و با تظاهر به اينكه به حج مىرود محلات را با گروه زيادى از پيروان و نزديكانش ترك كرد . وى در آغاز ، خانواده و كسانش را به عتبات فرستاد ، آنگاه خود و حدود چهارصد نفر از مريدانش با درشكه‌اى به سمت كرمان حركت كرد . همزمان با عبور او از خاك يزد ، فرمان ملوكانه براى حاكم اين ولايت ، امير بهاء الدوله ميرزا بهمن بن فتعلى شاه ، صادر شد كه مانع عبور آقا خان شود . او هم پس تدارك نيرو از يزد ، حركت