كرد تا او را قبل از خروجش از خاك يزد ، دريابد . امير بهاء الدوله در « كالمند » كه در منتهىاليه يزد واقع است به او رسيد . آقا خان كه اوضاع را چنين ديد به امير نامه‌اى نوشت و در آن چنين آورد : « اولا : ما زائرانى هستيم كه به زيارت مىرويم ؛ و ثانيا : بين ما اختلافى وجود ندارد . بنابراين بهتر است بدون اينكه متعرض ما شوى ، برگردى ؛ و ما هم به نوبه خود از خاك تو خارج مىشويم . » چون امير ميرزا بهمن ديد كه گروه آقا خان اندك است ، اين نامه را حمل بر ضعف آنها كرد و به آنها حمله‌ور شد . آقا خان با برادران و همراهانش در مقابل آنها ايستاد و آنها را شكست داد . آنگاه به طرف « شهر بابك » به راه افتاد . در سيرجان بين او و مأموران دولتى درگيرى رخ داد و در رشت آباد بين او و نيروهاى دولت به فرماندهى اسفنديار خان ، برادر حاكم كرمان ، فضل على قراباغى ، جنگى روى داد كه طى آن اسفنديار خان به قتل رسيد و برخى از فرماندهانش به اسارت درآمدند . پس از اين گيرودار آقا خان بر قلعه مشيز مسلط شد . در اين بين به او خبر رسيد كه فرمانده توپخانه ، حبيب الله خان ، در راس نيروى بزرگى از تهران حركت كرده همچنين براى حاكم فارس و عاملان نواحى آن ، فرمان ملوكانه صادر شده است تا به غايله پايان دهند . در اين هنگام آقا خان به طرف سيستان و از آنجا به قندهار حركت كرد و پس از مذاكره‌اى با حكومت انگلستان در بمبئى اقامت گزيد . مريدان او همچنان گروه‌گروه به ديدار او مىآمدند . او بقيهء زندگيش را در عزت و احترام سپرى كرد تا اينكه در سال 1298 در سن قريب به نود سالگى درگذشت . [ پس از درگذشت آقا خان ] على شاه ، پسر سرو جهان ، سىودومين دختر فتح على شاه [ به‌عنوان امام ] جانشين او شد . على شاه نيز به نام آقا خان نامبردار گرديد و اين لقب در اين خاندان به‌عنوان ارث استمرار يافت .