نسبت به آقا محمد خان كينه مىورزيدند به حمايت از مرتضى قلى خان پرداختند . مرتضى قلى خان در تالش و شيروان به بسيج سپاه و جمع‌آورى طرفداران خود مشغول شد و در سال 1202 هجرى با كمك مصطفى خان تالش ، فتح على خان حاكم كبه ( قبه ) و شيخ على خان والى بادكوبه گيلان را مورد حمله قرار داد . وى ابتدا بر گيلان تسلط يافت ولى پس از چند ماه ناچار شد اين ولايت را ترك كرده به شيروان بازگردد . وى در سال 1203 مجددا با كمك مصطفى خان تالش و هفت هزار سپاهى گيلان را مورد حمله قرار داد . در اين موقع سليمان خان قوانلو به سبب مخالفت مردم گيلان از رشت به قزوين رفته بود . مرتضى قلى خان ابتدا در گسكر فرود آمد و بدون توسل به جنگ و خونريزى بر گيلان مسلط شد . آقا محمد خان پس از آگاهى از اين واقعه محمد حسين خان قوانلو را با دو هزار سوار به گيلان اعزام داشت و به وى توصيه كرد در نزديكى رستم‌آباد متوقف شده به انتظار رسيدن گروههاى بعدى بماند اما وى از روى غرور و بدون ملاحظه عواقب امر به حمله مبادرت ورزيد و مغلوب شد . طولى نكشيد كه سليمان خان قاجار و امير محمد حسين خان ارجمندى فيروزكوهى به اتفاق ميرزا محمد خان لاريجانى با ده هزار سوار و پياده دررسيدند . از آن سوى مصطفى خان تالش در رأس پنج هزار سپاهى به مقابله برخاست . در چهار فرسنگى شهر رشت بين دو گروه متخاصم جنگى سخت درگرفت . در بهبوحه جنگ امير محمد حسين خان فيروزكوهى هدف گلوله قرار گرفت . افراد او وقتى سردار خود را سرنگون ديدند فرار اختيار كردند و ديگران نيز به متابعت آنها پشت به ميدان كارزار نمودند . تلاش ميرزا محمد خان لاريجانى و ديگر سران بىنتيجه ماند . قواى شكست‌خورده تا منجيل عقب‌نشينى كرد و مرتضى قلى خان بار ديگر پيروز گرديد . اين‌بار آقا محمد خان قاجار برادر خود جعفر قلى خان را به جنگ برادر ديگرش مرتضى قلى خان فرستاد . جعفر قلى خان با سپاه مازندران و گرگان و بسطام مأمور تسخير گيلان شد و آقا محمد خان پس از كور كردن مصطفى قلى خان برادر امّى مرتضى قلى خان براى نبرد با جعفر خان زند به سوى اصفهان رهسپار گرديد . هنگامىكه سپاه شاه قاجار به رستم‌آباد رسيد مرتضى قلى خان به بندر انزلى رفت . جعفر قلى خان كه به منظور نبرد وارد گيلان شده بود خود براى ملاقات با مرتضى قلى خان عازم بندر انزلى گرديد . دو برادر در ساحل بحر خزر يكديگر را ملاقات كرده به گفتگو پرداختند . از مذاكرات آنها كسى باخبر نشد ولى پس از اين مذاكرات مرتضى قلى خان از جنگ و خونريزى منصرف گرديده در كشتى نشست و به شيروان رفت . جعفر قلى خان وارد رشت شد و گزارش مأموريت خويش را براى آقا محمد خان فرستاد . بر طبق فرمان پادشاه قاجار سليمان خان بار ديگر زمام امور گيلان را در دست گرفت و جعفر قلى خان به تهران بازگشت . چندى بعد شاه قاجار به برادر خود جعفر قلى خان نيز مظنون شد . فرمان قتل او را صادر كرد . كينه مرتضى قلى خان نسبت به شاه قاجار به سبب كور كردن برادر امى خود مصطفى قلى خان و برادر ديگرش جعفر قلى خان افزايش يافت . وى كه همواره از سوى حكمرانان شيروان و بادكوبه و تالش حمايت مىشد بار ديگر با سپاهى از اين ولايات عازم تسخير گيلان گرديد . ميرزا بابا نايب الحكومه گيلان به محض آگاهى از خبر نزديك شدن سپاه مرتضى قلى خان مراتب را به اطلاع پادشاه قاجار رسانيد . آقا محمد خان به چند تن از نزديكان خود مأموريت داد كه فورا همراه سپاه مجهزى به گيلان عزيمت نمايند . اين افراد عبارت بودند از : رضا خان دولوى قاجار ، عباس خان قاجار ، محمد خان دولو ، عبد الله خان اصانلوى خمسه‌اى و ميرزا محمد خان لاريجانى . پادشاه قاجار به آنان توصيه كرد كه ابتدا با مرتضى قلى خان به مذاكره پرداخته او را از جنگ و خونريزى منصرف سازند و در صورتىكه وى حاضر به صلح و سازش و مراجعت نگرديد به هرترتيب او را منهزم ساخته گيلان را از حملات مداوم او آسوده سازند . مذاكره با مرتضى قلى خان سودى نبخشيد و آتش جنگ شعله‌ور شد . يكى از سرداران تالش به نام شاه پلنگ شبى به اردوى سران قاجار شبيخون زده گروهى را اسير و جمعى را نيز مقتول ساخت . اين‌بار نيز مرتضى قلى خان پيروز شد اما دوران تسلّط او بر گيلان چندان به طول نيانجاميد . از جانب پادشاه قاجار مصطفى خان دولوى قاجار مأموريت يافت با سپاهى كاملا مجهزّ به گيلان رفته او را مغلوب نمايد . مرتضى قلى خان باتوجه به قدرت سپاه و امكانات حريف و درنظر گرفتن مشكلات بيشمار خود از توسل به جنگ و خونريزى چشم پوشيد و به اتفاق مصطفى خان تالش ابتدا به بادكوبه رفت و پس از چندى كه از موفقيت خود كاملا مأيوس و نااميد شد به روسيه پناه برد . شاهان قاجار با انتقال پايتخت به تهران توجه خاصّى نسبت به گيلان مبذول مىداشتند . آنها رجال مهم دولت و حتى شاهزادگان و فرزندان خود را به حكومت گيلان منصوب مىنمودند . اما گيلان نيز مانند ساير نقاط ايران در اثر عدم شايستگى حكام نالايق و فاسد به ويرانى و خرابى كشيده شد و مردم به شدت ناراضى و بدبين گرديدند . در سال 1211 فتح على شاه به جاى آقا محمد خان قاجار نشست . وى مدتى طولانى در حدود سى و نه سال از 1211 تا 1250 سلطنت كرد . در دوران پادشاهى او جنگهاى ايران و روس رخ داد كه قسمتى از آنها مربوط به گيلان بود . تصرف گرجستان در سال 1218 قمرى توسط روسها آتش جنگ ميان ايران و روسيه را شعله‌ور ساخت . در سال 1219 بر شدت جنگ افزوده شد و فرمانده سپاه روسيه به نام سيسيانف ايشپخدر به واسطه رشادت ايرانيان نتوانست ايروان را تصرف نمايد لذا به تفليس مراجعت كرد . روسها با تعدادى كشتى حامل افراد مسلح گيلان را مورد حمله قرار دادند . فرمان حمله از طرف سيسيانف صادر شد و توسط ژنرال شفت اجرا گرديد . سيسيانف به تلافى حمله كارگزاران فتح على شاه به ايروان دستور تجاوز به گيلان را صادر كرد . محمد خان قاجار زيادلو حاكم ايروان بطور محرمانه با روسها روابط نزديك برقرار كرده از پشتيبانى آنان برخوردار بود . فتح على شاه با اطلاع از اين امر مهدى قلى خان دولو و اسماعيل قاجار شامبياتى حاكم خوى را مأمور بررسى امور ايروان نمود . آنان پس از ورود به ايروان به كمك سران سپاه و با اجراى