خواص آيه و بعد شأن نزول آيه و امثال آنها و غالبا از تفسيرهاى فرات كوفى و تفسير امام حسن عسگرى و تفسير قمى و تفسير عياشى و بيضاوى و كتاب احتجاج طبرسى و مكارم الاخلاق نقل مىنمايد و هنگام نقل بعضى از احاديث ، او خود را از ذريهء شيخ الطائفه شيخ طوسى معرفى و چنين ياد مىكند ( . . . قال جدّنا الامجد العالم المتعلم بعلوم الصادقين الشيخ ابو جعفر محمد بن الحسن الطوسى . . . ) . مجلد اول اين تفسير شامل ديباچه در بيان مقدمات سپس حاوى بيست فصل مىباشد كه متعلق به مسائل قرآن است . و بعد به تفسير سورهء الفاتحه مىپردازد و چند آيه از سورهء بقره . مجلد دوم اين تفسير قسمتى از سورهء بقره تا پايان سورهء هود را دربر دارد . يك دوره از اين تفسير كه بعضى از مجلدات آن به خط مؤلف مىباشد در كتابخانهء وقفى شيخ محمد صالح برغانى حائرى در كربلا و بعضى از مجلدات آن در كتابخانهء جعفريهء مدرسهء هندى در كربلا وجود دارد . شيخ آقا بزرگ تهرانى از قول شيخ ابو المجد آقا رضا اصفهانى در الذريعة مىنويسد پانزده مجلد اين تفسير در كتابخانهء قزوينيهء اصفهان موجود بوده و چند مجلد در كتابخانهء ملى تهران موجود است و سه مجلد اين تفسير در كتابخانهء اهدائى مشكوة به دانشگاه تهران ( شمارهء 11 ) و آن شامل سوره‌هاى كهف و مريم و طه و شمارهء 12 شامل سوره‌هاى انبياء و حج و مؤمنون و شمارهء 1140 شامل سوره‌هاى توبه و يونس و هود مىباشد . شيخ محمد رضا نصيرى طوسى داراى سه تفسير ديگر است : 1 ) كشف الآيات ، به زبان فارسى مرتب به 28 كتاب و هر كتاب به هيجده باب كه به تفسير آيات پرداخته است ؛ 2 ) مختصر تفسير الائمه ، به زبان فارسى در شش مجلد به شيوهء روائى است و آن تلخيص تفسير الائمهء لهداية الامة است ؛ 3 ) ترجمة القرآن ، كه ترجمهء قرآن به اضافهء مختصر توضيحاتى كه ذيل آيات داده است .