او ابن خلدون گفته است كه : « كتاب‌هاى او مورد اعتماد علماى شرق آن زمان بود . » در اواخر عمر بعد از عزل شيخ عزّ الدّين در مصر به منصب قاضى القضاتى رسيد و در روز چهارشنبه پنجم رمضان 646 ه . / 1248 م . در قاهره درگذشت و در گورستان مشهور القرافه دفن شد . شاگردش العز الاربلى الضرير گفته است : قضى افضل الدنيا فلم يبق فاضل * و مات بموت الخونجى الفضائل شرح مقالة الرئيس ابن سينا فى النبض و كتاب ادوار الحميات از تأليفات اوست . ابن ابى اصيبعه اشاره‌اى به شرح كلّيّات قانون نكرده است و فقط به يك كتاب شرح مقالة فى النبض او اشاره كرده است ، امّا سعيد نفيسى به شرح كلّيّات ارجاع داده است . از اين عبارت كشف الظنون كه يعقوب بن اسحاق در شرح كلّيّات خود از قول فخر الدّين رازى اقتدا و از قول افضل الدّين خونجى تتبّع كرده است ، شرح افضل الدّين خونجى را مطرح كرده است كه اين نكته روشن مىكند شرح خونجى نيز مانند شرح فخر الدّين رازى در اختيار شارحان بعدى بوده است . اين امكان هم وجود دارد كه مقصود از اين شرح همان شرح بخش نبض قانون بوده باشد ، چون بيان نبض نيز به مباحث كلّيّات قانون مربوط است و كلّيّات قانون علاوه بر فصل‌هاى ديگر فصلى مفصّل در باب نبض دارد . يك نسخهء بسيار قديمى آن در كتابخانهء رامپور نگهدارى مىشود كه در سال 708 ه . / 1309 م . كتابت شده است و با مطالعهء آن مىتوان روشن‌تر دربارهء آن بحث كرد . نسخه‌اى از آن در پاريس نيز وجود دارد . بدون ذكر كتاب مهم الجمل خونجى معرّفى او تكميل نخواهد شد . اين كتاب از مهم‌ترين كتاب‌هاى منطق به شمار مىرود و به قدرى معتبر است كه شرح‌هاى زيادى بر آن نوشته‌اند و به گمان قوى هيچ كتابى در اين موضوع با آن برابرى نمىكند . دانشمندان منطق براى آن مقامى فوق العاده قايل‌اند . كتاب كشف الاسرار عن غوامض الافكار ، كتاب الموجز ( منطق ) ، اختصار نهاية الامل ابن مرزوق تلمسانى و مقالة فى الحدود و الرسوم