از سوى ديگر تدريجا تعدادى از پزشكان شروع به تأليف كتاب‌هايى نمودند كه مشتمل بر انتقادها و اقتباس‌هاى ايشان از كتب ترجمه شده بود . اين حركت در واقع طليعه‌ى تحوّلى بزرگ و دوره‌اى جديد در تاريخ طب ايرانى - اسلامى بود كه در آن پزشكان مسلمان به تأليف كتب طبى و نوآورى در طب پرداختند . اين دوره از اواسط قرن سوم هجرى قمرى آغاز مىشود و به " عصر تصانيف " معروف است . همزمان با اين دوره ، مراكز طبى و بيمارستانى در سراسر قلمرو جهان اسلام به شيوه‌ى بيمارستان جندىشاپور و بيمارستان بغداد تأسيس شد ، كه در آنها بيماران به رايگان درمان مىشدند . به نظر مىرسد كه برخى از اين بيمارستان‌ها فقط مراكز درمانى بوده‌اند و در برخى ديگر برنامه‌هاى درمانى و آموزشى به صورت توأم وجود داشته است . در كنار اين بيمارستان‌ها كه مراكز آموزش طب بالينى بود ، طب نظرى هم در ديگر مكان‌ها مثل مكتب‌خانه‌ها ، مساجد و محافل خصوصى تدريس مىشد . سده‌هاى چهارم تا ششم هجرى را مىتوان دوران طلايى طب ايرانى ناميد ؛ زيرا از يك‌سو پزشكان بزرگى از جمله على بن ربن طبرى ، محمّد بن زكرياى رازى ، على بن عباس مجوسى اهوازى و ابن سينا با نوشته‌هاى خود باعث رونق بيش از پيش عصر تصانيف شدند و از سوى ديگر تأسيس بيمارستان‌هاى متعددى در شهرهاى بغداد ، اصفهان ، رى ، نيشابور و شيراز ، رشد چشمگيرى در سطح بهداشتى و درمانى جوامع اسلامى ايجاد كرد . در اين دوره ايرانيان شمار زيادى از داروهاى گياهى و شيميايى را تهيه كردند و درحالىكه در داروسازى پيشاهنگ بودند ، هنر نسخه‌نويسى را كه هم‌اكنون جزء ذاتى داروسازى نوين است ، ابداع كردند .