در اين ميان تغييرات و دگرگونىهاى سياسى جديد ، زمينه‌ساز تحوّلاتى ديگر در عرصه طب اسلامى بود . بغداد كه به علت مركزيت سياسى ، عمده‌ترين مركز طبى جهان اسلام به‌شمار مىرفت و همواره بهترين پزشكان را از مناطق دور و نزديك به خود جلب مىكرد ، به تدريج اقتدار سياسى خود را از دست داد . ضعف روزافزون و نيز تقسيم دستگاه خلافت در كنار قدرت يافتن اميران و حاكمان محلّى كه سعى در فاصله گرفتن از حكومت مركزى داشتند ، همگى دست‌به‌دست مىداد تا بغداد به تدريج اعتبار و جذابيّت گذشته خويش را نزد دانشمندان و پزشكان از دست بدهد . در اين شرايط حكمرانان محلى با جلب پزشكان ، دانشمندان و اديبان به دربار خود به فرهنگ و زبان بومى و ملى خود نيز دلبستگى نشان مىدادند . تا اواخر قرن چهارم ( ه . ق ) طب اسلامى شاهد ظهور سه تن از بزرگترين پزشكان و پديدآورندگان كتب طبى بود . اين افراد كه هر سه ايرانى بودند ربن طبرى ، رازى و اهوازى نام داشتند . هر سه بخشى از دوره تحصيل يا تدريس خود را در مركز خلافت گذارنده و تمامى كتب آنها به مانند غالب كتب طبى آن زمان به عربى نگارش يافته بود . در اين شرايط پزشك ايرانى ، ابو منصور هروى با نگارش كتاب " الابنيه عن الحقايق الادويه " به‌عنوان نخستين كتاب داروشناسى به زبان فارسى و نيز با فاصله‌ى اندك ، پزشكى ديگر به نام ابو بكر اخوينى با نگارش كتاب " هدايه المتعلمين فى الطب " به‌عنوان اولين كتاب طب به زبان فارسى پايه‌گذار تحوّلى مهم در طب اين مرزوبوم شدند . تحولى كه سال‌ها بعد توسط جرجانى به اوج خود رسيد . مورّخان از اين دوران به‌عنوان " عصر تحوّل " يا تجدّد طب ايرانى ياد مىكنند .