خانى » كه گاه منابع تاريخى از آنان بنام « تركمانان آب اترك » نام برده‌اند ، پررنگ‌تر شد و بعنوان يك مشكل جديد براى حكومتگران ايران دغدغه آفريدند . 12 سواران تيره‌ها و طوايف مختلف تركمان از اواخر قرن 9 ه . ق با تحت لواى سپاه اوزبكان در حمله به سرحدات شمالى ولايات خراسان و استراباد شركت كردند و يا در حمايت از آخرين شاهزادگان تيمورى در حوالى استراباد به كروفر پرداختند . 13 از قضا در همين دوران تركمانان غرب و شمال غرب ايران يعنى قراقويونلوها هم تحت لواى جهانشاه پس از تصرف سراسر شهرها و روستاهاى غرب و سپس مركز ايران ، خود را به سال 862 ه . ق به استراباد رساندند . اما با عكس العمل حكام تيمورى مواجه و مجبور به ترك اين منطقه گرديدند . ابو بكر طهرانى شرح مفصلى درباره اين وقايع دارد . 14 از جهانشاه سلطان تركمانان قراقويونلوئى كه به استراباد آمده بود يك فرمان‌سنگ بزرگ در ايوان غربى مسجد جامع گرگان كنونى بيادگار باقىمانده كه شرح و تصوير آن‌را در زمان معرفى فرمان سنگ‌هاى اين مسجد از نظر گذرانده‌ايم . در قرن 10 ه . ق يعنى همزمان با حكومت صفويان ، همين تراكمه غرب ايران پس از چند شكست از سپاهيان قزلباش شاه اسماعيل صفوى ، بتدريج دست از مقاومت برداشتند و گروهى از سرداران و صاحب‌منصبان لشكرى و كشورى تركمانان قراقويونلو و آق‌قويونلو به صفويان پيوستند و در امر تثبيت حكومت آن‌ها سهيم شدند . 15 در شمال شرق ايران هم كه قبلا در حدود اوايل قرن 6 ه . ق تركمانان سلجوقى به حوالى رود اترك و نواحى گرگان آمده بودند ، هم‌اينك در عهد صفويان به راحتى از رود اترك گذشته و وارد شمال ايالت استراباد يعنى دشت گرگان ( تركمن‌صحراى فعلى ) شده بودند . آن‌ها در اين ناحيه علاوه بر دامپرورى ، به استفاده از اراضى نيمه‌خشك كشاورزى هم پرداختند . اسكندر بيك تركمان مورخ اين دوران شرح كاملى از جنگ‌ها ، غارت‌ها و سپس اسكان و تصرف اراضى دشت گرگان توسط اين تركمانان را ثبت و ضبط نموده است . اتفاقا از همين زمان بود كه شهر و روستاهاى ايالت استراباد جولانگاه قتل و غارت اين مهمانان نورسيده واقع شدند . شهرها و روستاهاى شمال ايالت خراسان نيز همين وضع را پيدا كرده بود . 16 در چنين مواردى حكام استراباد طوايف تركمان را تطميع و عليه يكديگر مىشوراندند . مثلا در حكم شاه سليمان صفوى در شعبان سال 1102 ه . ق ، از سپند خان بيگلربيگى استراباد گله كرده كه چرا