يك بار در سال 1290 ه . ق ( بيست و ششمين سال حكومت ناصر الدين شاه قاجار ) به همت شخصى بنام شريعتمدار با هميارى آقا سيد صادق استرابادى تعميرات كلى گرديد . آخرين بار هم در دهه اخير كل ساختمان مدرسه تخريب و بناى چند طبقه كاملا جديدى را احداث كرده‌اند كه تا اين تاريخ ( 1383 خ ) ، آخرين كارهاى آن نيز رو به اتمام است . اما در طى اين تخريب‌ها ، تعميرات و ترميمات ، سنگ مزار باشكوه و اشرافى بانى آن‌كه بر روى قبر سازنده و در حياط مدرسه بود ، همچنان باقى مانده است . اين سنگ متعلق به خواجه مظفر بتكچى با تاريخ مرگ او يعنى سال 942 ه ( دوازدهمين سال حكومت شاه طهماسب صفوى ) مىباشد . اين سنگ و مرقد آن هم‌اكنون در قسمت زيرين ساختمان تازه تاسيس مدرسه قرار گرفته است . با توجه به تاريخ سال مرگ بانى مدرسه يعنى 942 ه ، اين مدرسه بايد در سالهاى بين 920 تا تاريخ يادشده ساخته شده باشد . بنابراين بر روى سنگ كتيبه مفقودشده مدرسه هم احتمالا اين تاريخ حك گرديده بود . در اين‌باره محمد صالح استرابادى در عصر ناصر الدين شاه ( 1294 ه ) چنين نوشته است : « مرحوم خواجه مظفر الدين مدفنش در استراباد است در مدرسه مشهوره به مدرسه دار الشفاء . در سنه نهصد و چهل و دو هجرى برطبق وقفنامه موقوفاتى را بر آن مدرسه وقف نموده ثانيا مختوم نمود . صحت آن‌را . نوشته و اصل وقفنامه به نظر قاصر رسيده نهصد و بيست و يك مورخ بود منشأ خيرات و فيره و مبرات كثيره بود . و در استراباد به سمت حكومت نيز اتسام داشت . مدرسه مزبوره از بناهاى خواجه مبرور مزبور سعادت نصابست . و شرط نموده كه مدرس طبيب امامى در آن تدريس نمايد . و شرايط مفصله‌اى در آن وقفنامه قرار داده كه بمرور دهور اندراس يافته معمول نمىشود . و در اين سنوات از فرط كهنگى اكثر حجرات و آلات و ابنيه آن روى به انهدام نموده قريب الانهدام است . محقق كامل و مجتهد باذل سركار شريعتمدار آقا و مولا آقائى حاجى سيد صادق استرابادى سلمه الله تعالى مساعى جميله در تعمير آن تجديد عمارت مدرسه جديده از موقوفات و صدقات جاريه آن مرحمت مآب است . پنجاه و دو سهم از يكصد و چهارده سهم از رودخانه خواسته‌رود ( زيارت فعلى ) را وقف بر شرب و استعمال اهل بلد و نواحى آن نموده است . از دروازه معروفه به دروازه بسطام از جدول كبير وارد شهر استراباد مىشود در جداول و انهار صغيره جارى و منشعب مىشود ، در خانه‌ها و بساتين داخل و از دروازه معروفه به دروازه فوجرد خارج مىشود . طواحين و