محراب فرورفته‌اى در جايگاه محراب پيامبر به وجود آوردند ، بدين صورت كه ستونى ميان منبر و قبر در مرز مسجد نخستين قرار دادند و درون آن محراب را به وجود آوردند . اين محراب را با سنگ مرمر رنگى تزيين نمودند و پنجرهء آرامگاه را در جايگاه پيشين خود قرار دادند . ديوار غربى را از باب الرحمه تا باب السلام ساختند . همچنين منارهء باب الرحمه را نيز بنا نمودند و ستونها را كوتاه كرده سپس نيم‌طاق‌هايى از سنگ بر آن ساختند و سپس سقفى از چوب بر آن بنا نمودند . مدرسه‌اى در كنار مسجد در فاصله ميان باب السلام و باب الرحمه ساختند كه اين مدرسه تاكنون بنام « مدرسهء محموديه » باقى مانده است . قايتباى در تعمير مسجد النبى حدود يكصد و بيست هزار دينار كه معادل 60000 جنيه بود ، خرج كرد . هنگامى كه خلافت به عثمانيها رسيد و بر حرمين تسلط يافتند ، پادشاهان مصر را به تعمير و رفع نيازهاى مسجد نبوى مأمور كردند . در سال 980 هجرى هم سلطان سليم دوم در مسجد پيامبر صلّى اللّه عليه و إله گنبد زيبايى را در غرب منبر نبوى كه مرز مسجد نخستين است و از سوى قبله ديده مىشود ، ساخت . سپس اين گنبد را با كاشى كاريهاى نقش‌دار كه با آب طلا تزيين گرديده بود ، زينت داد و بر روى آن نام خود را با خط زيباى ثلث نگاشت . در سال 1233 ه . سلطان محمود گنبد شريف پيامبر را بنا كرد و سپس در سال 1255 ه . پس از ترميم مجدّد ، رنگ سبز را براى آن انتخاب نمود . سپس ساختمان بزرگ مسجد النبى به وسيلهء سلطان عبد المجيد عثمانى شروع شد كه آغاز آن از سال 1265 ه . و پايان آن در سال 1277 هجرى بود . اين ساختمان از آنجا شروع شد كه شيخ حرم - مسجد النبى - داود پاشا ، نامه‌اى به سلطان عبد المجيد نوشت و در آن متذكر گرديد كه نزديك به چهار قرن است مسجد تعمير اساسى نشده ، به طورى كه قسمتهاى زيادى از آن رو به تخريب و ويرانى است . بر اين اساس سلطان نماينده‌اى از سوى خود براى ديدن اين گزارش‌ها از تركيه به مدينه گسيل داشت . زمانى كه براى او درستى گزارشها ثابت گرديد دستور تعمير و بناى مسجد را صادر نمود . ضمنا افرادى را براى تأمين سنگهاى مورد نياز مسجد و بريدن سنگ به