بعضى از سقفها و ستونها و ديوارها و مناره‌هاى مسجد بود . در شب سيزدهم رمضان سال 886 ه . در آسمان ، رعد و برق شديدى به وجود آمد كه مردم از شدت صداى آن از خواب بيدار شدند ، صاعقه به هلال فراز منارهء رئيسيه برخورد نمود و موجب مرگ رئيس مؤذنان كه در حال مناجات بود شد ، آنگاه آتش به سقف مسجد سرايت كرد و سپس تمامى مسجد را دربر گرفت شعله‌هاى آتش آنچنان بالا مىرفت كه گاه شراره‌هاى آن به خانه‌هاى اطراف مسجد پرتاب مىگرديد . ديوار مسجد و بيشتر ستونهاى آن خراب گرديد . پنجره‌اى كه به اطراف آرامگاه پيامبر صلّى اللّه عليه و إله قرار داشت به همراه منبر ، كتابها و قرآنها همه آتش گرفت . آتش همه جا را فرا گرفته بود جز آرامگاه شريف حضرت رسول صلّى اللّه عليه و إله و نيز گنبدى كه در وسط صحن قرار داشت ، از آتش‌سوزى اول در امان ماند . در اين حادثه چندين ده نفر درگذشتند . خداوند آنان را رحمت كناد ! چون خبر آتش‌سوزى به اشرف قايتباى رسيد ، امير سنقر جمالى را براى تعمير مسجد النبى به مدينه فرستاد . امير سنقر جمالى بيش از يكصد كارگر و وسائل لازم به همراه داشت . وى ساختمان خود را از مناره رئيسيه شروع كرد و آن را از نو بنا نهاد ، سپس ديوار سمت قبلهء مسجد و ديوار شرقى مسجد تا باب جبرئيل را تعمير كرد و مقدارى به عرض آن اضافه نمود . همچنين محراب عثمانى را توسعه داد و پس از اتّصال ستونهاى اطراف محراب عثمانى به هم ، بر روى آنها گنبدى قرار داد . بر روى ديوارهاى آرامگاه پيامبر صلّى اللّه عليه و إله گنبدى را بر روى سقفى كه بر آن ديوارها قرار داشت بنا نمود و گنبد ديگرى بر روى پايه‌ها و ستونهايى كه بدين منظور ساخته بودند ، بنا كرد . بنابراين سمت شرقى ، كمى تنگ شد پس به اندازهء دو ذراع و ربع از ديوار مسجد بيرون رفتند و ستونى در رأس مثلث حجره ساخته و بر روى آن گنبد بزرگى قرار دادند ؛ به طورى كه سه گنبد كوچك يكى ميان حجره و ديوار قبله و دو گنبد ديگر در برابر درون باب السلام آن را احاطه نمود . درب باب السلام را با مرمرهاى سياه و سفيد ساختند و همانند محراب عثمانى آن را تزيين نمودند . مرمرهاى آرامگاه شريف پيامبر صلّى اللّه عليه و إله را تجديد نموده و اطراف آن و ديوار قبله را نيز مرمت كردند و منبر تازه‌اى براى آن ساختند و اتاقك مؤذنان را از مرمر بنا كردند و سطح زمين قسمت پيشين مسجد را پايين آوردند به طورى كه با زمين مصلاى پيامبر هم سطح گرديد و