اسحق در اواخر عمر مبتلى به فالج شد و با همان مرض در ايام خلافت المقتدر باللّه در ماه ربيع الاخر سال دويست و نود و هشت در بغداد وفات نمود . از كلمات او اين است : « شراب كم دوست روح انسان و زيادش دشمن جسم است » . اين اشعار از اوست : انا ابن الذين استودع الطب فيهم * و سمّوا به طفل و كهل و يافع ببصرنى ارستطاليس بارعا * يقوّم منى منطق لا يدافع و بقراط فى تفصيل ما اثبت الالى * لنا الضرو الاسقام طب مضارع و ما زال جالينوس يشفى صدورنا * لما اختلفت فيه علينا الطبايع و يحيى بن ماسويه و اهرن قبله * لهم كتب للناس فيها منافع راى انه فى الطب نيلت فلم يكن * لنا راحة من حفظها و اصابع ترجمه و مفاد ابيات بالا چنين است : من فرزند كسانى هستم كه طب نزد آنها بوديعه سپرده شده و آنها را در طفوليت و جوانى و كهولت به اين نام مىناميدند ؛ ارسطوطاليس مرا روشن مىكند بقسمى كه در اين فن براعت حاصل كرده‌ام و در من منطقى را كه هيچ‌گاه قابل رد نيست بوجود آورده است ؛ بقراط در تفسير و تشريح آنچه را كه گذشتگان دربارهء دردها و ضررها عنوان كرده بودند ، طب اضافى بما آموخت ؛ جالينوس پيوسته در مورد طبائع مختلف سينه‌هاى ما را روشن كرد ؛ يحيى بن ماسويه و پيش از او اهرن كتابهائى تأليف كرده‌اند ، كه براى مردم نافع است ؛ او ( يحيى بن ماسويه ) معتقد است كه در طب بدرجهء عالى رسيده و ديگر براى ما كف