ديگر كه متصل به آن و متعلق به آستانهء مقدسهء حضرت معصومه عليها السلام بود ، نود و نه ساله اجاره نمود و جمعا هشت هزار متر مربع زمين را براى ساختمان يك مدرسه عالى مهيا ساخت . آن‌گاه در روز 20 جمادى الثانيه سال 1366 قمرى در همان روزى كه مدرسه كوچك را افتتاح نمودند ، با حضور جمعى از علماء و فضلا و طلاب علوم دينى ، اولين كلنگ آن به دست آن مرحوم به زمين زده شد ، سپس شروع به ساختمان آن كردند . اين مدرسه كه بعدها به نام بانى آن معروف به « مدرسهء حجتيه » گرديد ، در شش قسمت دو طبقهء مجزاى از هم بنا شده و جمعا داراى 126 اطاق روشن و آفتاب‌گير است ، به‌طورى كه تمام اطاق‌هاى آن مخصوصا طبقات فوقانى به قدر كافى از هواى آزاد و روشنائى برخوردار مىباشد ، و از هر جهت رعايت بهداشت و حفظ الصحهء طلاب ساكنين آن شده است . چهار قسمت ساختمان مدرسه مقابل هم در سمت شمال و جنوب حياط وسيع مدرسه قرار گرفته ، دو قسمت شمالى در داخل مدرسه و دو قسمت جنوبى در كنار خيابانى كه از فلكه صفائيه منشعب و به رودخانه متصل مىگردد ، قرار دارد . قسمت ديگر در سمت غربى واقع است . مقابل آن نيز در سمت مشرق ، مسجد زيباى مدرسه و صحن كوچك آن كه به هزينه مرحوم حاج احمد اتفاق از تجار آذربايجانى مقيم تهران بنا شده است . مرقد مرحوم آيت اللّه حجت نيز در كنار مسجد است . بالاى مرقد و كنار ديگر مسجد اطاق‌هاى طلاب مدرسه قرار دارد ، و بدين‌گونه ساختمان عمومى مدرسه به شكل مربع مستطيل و طرزى دلپذير ساخته شده است ، مخصوصا باغچه‌هاى پرگل و درخت‌هاى سرسبز آن كه حوض بزرگ مدرسه را دربر گرفته‌اند ، نزهت و رونقى خاص به آن مركز علمى و دينى بخشيده است . سرداب بزرگ و دلنواز مدرسه نيز در قسمت شمال غربى است ، در فصل گرماى تابستان قم عامل مؤثرى براى رفاه و آسايش طلاب مدرسه مىباشد . در سمت غربى اين قسمت آب‌انبار عظيم مدرسه واقع است كه از ثلث مرحوم « كلكته‌چى » تبريزى بنا شده ، و آب بسيار خنك و گواراى آن مورد استفاده ساكنان مدرسه و برخى از همسايگان و مردم مختلف است . علاوه بر ساختمان عمومى مدرسه كه گفتيم به شكل مربع مستطيل است ، در سمت پائين مسجد ، قسمت ديگر ساختمان مدرسه در دو طبقه است كه بعد از رحلت مرحوم آيت اللّه حجت بنا گرديده و آن نيز مورد استفاده طلاب مىباشد . آشپزخانه و رختشوئى مدرسه هم در اين طبقه قرار دارد .