مير حسين با اين تفضيل وارد ارگ شد ، تمام بزرگان كه در ارگ متوقّف بودند از بيم جان به بيغوله‌ها فرار نموده و سه هزار سربازى كه در ارگ بود نيز به كلى پنهان شدند . پس همراهان امير ، امير را به عمارت مهمانخانهء رحيم خانى رسانيده در آنجا قدرى بياسود . از اهالى شهر بخارا متجاوز از پنجاه هزار كس به عمارات مرتفعهء مدرسه‌ها برآمده ، نگران آخر كار بودند . چون امير حسين را در اگر ديدند به سويش شتافته ، كمر اطاعت او را بستند . از طرف ديگر سرداران و بزرگان شهر كه در ارگ پنهان بودند بيرون آمده ، سر تمكين به اطاعت تسليم نموده و در آستانش جبين ضراعت بر زمين نهاده امير حسين تورى حكم به احضار كوشبيگى وزير اعظم نموده ، در همان ساعت او را با چشم گريان از بيغوله‌اى بيرون كشيده حاضرش آوردند . امير آيهء وافى هدايهء وَ الْكاظِمِينَ الْغَيْظَ وَ الْعافِينَ عَنِ النَّاسِ [ 3 / 134 ] را به ياد آورده ، قلم عفو بر جرائم اعمال گذشته كشيد و به ايمان عهد و پيمان نمود كه به او آسيبى نخواهد رسانيد و از حالات او پرسش نموده اميدوارش نمود . آن روز تمام بزرگان بخارا به سلطنت امير مباركباد گفتند و تا محلّ غروب آفتاب ، امنيّت كلّى در شهر بخارا حاصل شد . چون آفتاب غروب نمود ، به حكم امير مير حسين تمام مستوفيان را در ارگ حاضر نموده ، مشعلها افروخته و چراغهاى بسيار در ارگ روشن شد . پس امير حكم نمود كه عمله‌جات خلوت حاضر شده به تهيهء شام بپردازند و به صدر اعظم و مستوفيان فرمان داد تا مثالها به اطراف و اكناف و شهرها و قصبات نوشته ، فوت امير مير حيدر را و جلوس او را اطلاع بدهند و هم نامهء ديگر به جهت نصر اللّه خان نگارش داد و جلوس خود را به او نوشت . پس هر يك از احكامات را به دست يكى از بيست تن غلامان خود به شهرها روانه نمود و نامه‌اى را كه به جهت مير نصر اللّه خان نوشته بودند امضا داشته با يكى از غلامان و معتمدان خويش به كارشى فرستاد و آن شب را تا صبح به نوشتن احكامات و كارهاى ديگر پرداخته . صبح روز ديگر امر به احضار سادات ذى شأن و علماء نموده ، بزرگان و سرداران جميعا حاضر گرديدند . پس جسد پدر را غسل داده و كفن نموده ، عالم بزرگ بر او نماز گذارده ، به خاكش سپردند و امير بر تخت پدر به وراثت جلوس نمود .