خاندان خواجگان « قره داغليك » و تحت حمايت خانهاى « جونگارى » قرار داشت . پس از مرگ خواجه دانيال كه از خاندان قره داغليك بود ، « گلدان تسرنگ » خان جونگارى ( 1727 - 1745 م ) سرزمين دانيال را بين چهار پسر وى تقسيم كرد : جقان مالك يارقند شد و كاشغر را به يوسف ، آق‌سو را به ايوب و ختن را به عبد اللّه داد . موقعى كه جنگهاى داخلى بين مدّعيان جونگارى روى داد ، يوسف كه مسلمانى متعصّب بود از آن آشفتگى اوضاع استفاده كرد و كاشغرستان را از تحت استيلاى آنها بدر آورد ( 1753 - 1754 م ) . « آمورسنه » در سال 1755 م ، در صدد بر آمد كه شورش قره داغليك را فرو نشاند و آن خاندان ديگر خواجگان يعنى « آق‌داغليك » ها را كه دشمن ديرينهء آنها بودند ، عليه « قره‌داغليك » ها برانگيزاند . آق‌داغليك‌ها از سال 1720 م ، در خلجا دچار يك نوع حالت نيمه اسيرى در دست جونگارها بودند . رئيس آق‌داغليك‌ها موسوم به برهان الدّين معروف به « خواجه بزرگ » و برادر او خواجه جان معروف به « خواجهء كوچك » هر دو فكر « آمورسنه » را پذيرفتند . آمورسنه و چينيان سپاه مختصرى در اختيار برهان الدّين گذاشتند و او ابتدا شهر « اوچ تورفان » و بعد كاشغر و سرانجام يارقند يعنى تمام كاشغرستان را از تحت تسلط و تصرف « قره داغليك » ها بدر آورد . برهان الدّين و خواجه جان چون صاحب آن كشور شدند از پيكارى كه بين « آمورسنه » و حكومت چين به وجود آمده بود ، استفاده كردند و خواستند تا خود را از تحت اطاعت « جونگار » ها و چينيان بدر آورند و مستقلّ گردند . يك دسته از لشكريان چين را در بهار سال 1757 م ، قتل عام كردند . ولى ديرى دوام نكرد كه چينيان « جونگارى » را مسخّر و ضميمهء كشور خود نمودند و به طرف آن دو خواجه روان شدند . در همان سال حاكم يارقند يكى از فرستادگان چائو - هوئى را به قتل رساند . پس از اين رخداد سپاهى چينى تحت فرماندهى مارشال « چائو - هوئى » به سال 1758 م ، از ايلى به طرف تاريم سرازير شد . خواجه جان در نزديك كوچا مغلوب شد و به يارقند رفت و در آنجا به پايدارى پرداخت . برهان الدّين نيز در كاشغر ماند . پس از نبردهاى سخت ، سرانجام مارشال « چائو - هوئى » با يارى قواى كمكى كه از « فوته » به او رسيد ، يارقند را وادار به تسليم كرد ، ولى خواجه جان قبل از ورود چينيان فرار كرده بود ( 1759 م ) هر دو خواجهء مذكور به