استقلال مىبخشيد به عنوان مذهب رسمى اعلام كرد . در اين هنگام دولت تيمورى بر اثر عصيان فئودالان چادرنشين كه در رأس آنها بديع الزّمان فرزند سلطان حسين بايقرا قرار داشت رو به ضعف و گسستگى نهاد و زمينه براى پيشروى محمّد خان شيبانى فراهم آمد . او پس از تصرّف بخارا ( 905 ه . ق / 1499 م ) ، سمرقند و خيوه و خوارزم ( 906 ه . ق / 1 - 1500 م ) ، در سال 913 ه . ق / 1507 م ، به سوى هرات آخرين مركز تيموريان متوجّه شد . سلطان حسين فرمانرواى هرات چهارده پسر داشت كه در پايان سلطنت خود درگير شورشهاى متعدد آنان شد و يكى از خوشبختىهاى شيبك خان آن بود كه سلطان حسين ميرزا به بيمارى فالج گرفتار آمده و حكومت وى به سستى گراييده بود . پس از مرگ وى ميان فرزندانش اختلاف افتاد . چون بديع الزّمان ميرزا ، فرزند ارشد سلطان حسين ميرزا بود ، عده‌اى از امرا خواهان سلطنت وى بودند . اما گروهى ديگر به تحريك خديجه بيگى آغا ، مادر مظفر حسين ميرزا به طرفدارى از او برخاسته ، شركت هر دو برادر را در سلطنت خواستار بودند . سرانجام در هرات خطبه به نام آن دو شاهزاده خوانده ، بر روى سكه اسامى آن دو تن را نقش كردند و نيز مقرّر گرديد كه نيم مملكت از آن بديع الزمان ميرزا و نيم ديگر در تحت حكومت مظفر حسين ميرزا در آيد . ولى ديگر برادران اين ترتيب را نپذيرفته ، هر كدام ناحيه‌اى را متصرف شدند و دم از استقلال زدند . « 1 » شيبك خان از آشفتگى اوضاع خراسان و درگيريهاى داخلى شاهزادگان تيمورى بهره برده ، در اواسط ذيحجه 912 ه . ق / 1506 م ، « 2 » از مسير كركى از آب آمويه عبور نموده به اندخوى رسيد و پس از تصرف آنجا ، در نبرد خونينى كه روز پنجشنبه 7 محرم 913 ه . ق / 1507 م ، در موضع مرل ولايت بادغيس ميان امير ذو النون و شيبك خان رخ داد ، به پيروزى شيبك خان انجاميد . « 3 » روز جمعه هشتم محرم همان سال ، سادات و قضات و بزرگان هرات در مدرسهء شيخ الاسلام جمع شده به مشورت پرداختند و

--> ( 1 ) . جهانگشاى خاقان / 336 ، 337 . ( 2 ) . حبيب السّير ج 4 / 374 ؛ وقايع السنين و الاعوام / 446 . ( 3 ) . مأخذ پيشين ؛ ايران در روزگار شاه اسماعيل و شاه طهماسب صفوى / 129 ؛ جهانگشاى خاقان / 340 .