برنمىداشت تا اينكه در سال 1855 دوباره با لشكر زياد به طرف مرو و سرخس ايران تاخته ، تركمانان ايران زمين به جنگ و مقابلهء او از هر طرف و از هر او به جنبش نموده ، سر راه او را از هر طرف بر او گرفتند ؛ تمام لشكر وى را كشته و اسير به دست نموده و خود محمّد امين خان را نيز كشته ، سر او و بزرگان لشكر وى را با اسير بسيار به طهران پايتخت دولت ايران فرستادند . برنس روسى مىنگارد كه : چون مير حيدر به تخت سلطنت بخارا جلوس نمود مانند بزرگان دين اسلام رفتار مىكرد و خود را مفترض الطاعه مىدانست ، احكام قرآن را جارى مىكرد ؛ هر كس از اطاعت اوامر و نواهى قرآن تخلّف مىنمود او را مىكشت . اهل بخارا و ساير قلمروش وى را « امير المؤمنين » مىناميدند . پيرايهء سلطنت بر خود قبول نكرد ، به تشييع جنازه و نماز ميّت حاضر مىشد ، طلاب دينيه را در مسجد جامع درس مىگفت و همه روز در جامع بزرگ حاضر گرديده ، احكام شرع را مجرا مىداشت . عزّت اللّه يكى از مشاهير مورّخين بخارا مىنويسد : مير حيدر در سنهء 1813 به جاى شاه مراد پدرش به تخت حكمرانى نشست . تمام بعد از نيمهء شب را به عبادت مشغول بود . بعد از اداى فريضهء صبح ، اهل علم و طلاب در مدرس او حاضر شده به مباحثات علمى و تأويل آيات كريمهء قرآن مشغول مىشد و بر تمام علمايى كه حاضر حضورش بودند بيشى داشت . پس از دو ساعت درس و بحث با تمام حاضرين به تالار بزرگ حكمرانى خود مىرفت و بر مسند خلافت خود نشسته ، اهل علم را در دست راست و اميران و امير زادگان را در دست چپ جاى مىداد . كوشبيگى كه به منزلهء صدر اعظم بود ، در جلوش بايستى ايستاده مىبود . در در تالار ، چوبدار كه به منزلهء حاجب بار بود ، ايستاده عارضين و واردين را بايد تا ميان تالار ، آورده ، در آنجا به دو نفر پيشخدمت كه مخصوص اين كار بودند مىسپرد ؛ آنها هر يك از طرفى با او روان شده ، او را تا چند قدم به نزد امير مانده مىبردند . وارد يا عارض بايد در آنجا ايستاده سلام مىداد و از شخص مخصوصى كه به جهت جواب سلام تعيين شده بود جواب شنيده ، پس امير سر برداشته به او نگاه مىكرد و آن شخص بايد پيش رفته