شاه مراد اغلب اوقات به جنگ حكمرانان هندوستان و خوقند و خجند و تاشكند و خيوه لشكر مىكشيد و با آنها مصاف مىداد ، تا اينكه در سنوات آخر حكمرانى وى فرمانفرمايان شهرهاى مذكور به غير از هند ، از وى متابعت نموده سلسلهء اطاعت او را به گردن نهادند و نامه‌ها به شاه مراد نوشته از در صلح در آمدند و هم قرار دادند كه هنگام جنگ در سوق لشكرى با وى بوده ، كمك به او بدهند . بزرگان بخارا و شهرهاى ديگر فدوى او بودند ، گفتهء او را به كمال ميل اطاعت داشتند . شاه مراد در سنهء 1879 دوباره به طرف هند لشكر كشيد . تيمور شاه افغان وقت را غنيمت شمرده با لشكرى بسيار به طرف بخارا تاخته قرا و قصباتى كه در كنار رود آمويه بود ، تماما به باد نهب و تاراج داده به تصرف در آورد . اين واقعه را در حدود هند به شاه مراد رسانيدند . جنگ با هنود را به عهدهء تأخير گذاشته به شتاب تمام كنار رود آمو را گرفته به عزم محاربهء تيمور شاه حركت كرد . از واقعات غريب آنكه ، وقتى تلاقى فريقين رو داد كه تيمور شاه با يك هزار و پانصد سوار از هندوكش حركت نموده در آقچه با شاه مراد به هم رسيدند . پس با آن قليل لشكر ناچارا صفوف جنگ را با شاه مراد آراسته از دو طرف آتش محاربه بالا گرفت . لشكر تيمور شاه بعد از جزيى كرّ و فرّى نزديك شكست شدند و ارادهء فرار داشتند . چون شاه مراد لشكر افاغنه را در كارزار ، كارزار ديد ، فرمان داد تا بخاراييان و سواران اوزبيك دست از جنگ باز داشتند . پس كس نزد تيمور شاه فرستاده پيغام داد كه ، چون لشكر شما و قشون من هر دو طرف مسلمانانند ، از اينكه مسلمين را به كشتن يكديگر وادار نماييم در نزد خدا و رسول مؤاخذ خواهيم بود ؛ به واسطهء اينكه لشكر افغان نزديك به شكست بودند ، فرمان دادم تا جنود بخارا دست از قتال برداشتند و اينك رايات صلح افراشته‌ام ، بهتر آن است كه نايرهء جنگ را به آب مصالحه فرو نشانيم و خونهاى مسلمانان را ناريخته بگذاريم . چون فرستادهء شاه مراد نزد تيمور شاه رسيد ، پس عقد مصالحه را از طرفين محكم داشته شاه مراد به ديدن تيمور شاه شتافت و يكديگر را بغل كشيده كمال دوستى از دو طرف به عمل آمد ، هر دو لشكر مدتى در آنجا بياسودند .